八月初八的刺杀发生之后，宝船立刻靠岸，众人手忙脚乱的将天启皇帝抬下船去，很多宫内侍卫抬来水桶往宝船上冲，御花园的警钟被敲响，有的御前侍卫拿来了御花园常备的水火龙，打开龙头将水柱喷向船身，好在船上没有火药硫磺等危险物品，甲板上的大火也是因为震天雷爆炸所致，烧坏了船帆。整个宝船并没有受到致命的损坏。燃烧引起的浓烟很快被扑灭。
几乎在天启皇帝被抬下去的同一时间，魏忠贤立刻命令在场的锦衣卫和东厂番子还有御前侍卫立刻封锁现场，不许有更多的外围侍卫介入，这件事情的范围只能控制在御花园内，不许外传，特别是船上激战之后剩下的一百多名锦衣卫和御前侍卫，魏忠贤下达了封口令，“你们都给咱家听好喽，今天的事情一概不许外传，如果咱家在这宫内宫外听到一点风声，你们一个也别想活着，都明白了吗？”
“谨遵厂公之命！”一百多名锦衣卫和御前侍卫单膝跪地喊道。
“好，很好！”魏忠贤指着一个侍卫道：“你，起来。”那个御前侍卫战战兢兢的站起身，虽然他比魏忠贤高了一个头，可是他连正眼都不敢瞧魏忠贤一下，魏忠贤拍拍他的肩膀问道：“今天你都看到了什么？”
侍卫结结巴巴答道：“今天，我，我”
魏忠贤朝旁边使了一个眼色，他的贴身护卫走过来一人，一刀捅进了这个侍卫的胸膛，可怜此人虽然武功高强，可是猝不及防加上对魏忠贤的恐惧心理作祟之下毫无还手之力，被东厂的人一刀捅死，发出一声长长的惨叫。魏忠贤又点起一个锦衣卫道：“你呢，你看到了什么？”
锦衣卫满头大汗，浑身颤抖道：“回厂公，小的，小的什么也没看着。”
魏忠贤满意的点点头，指着那个侍卫的尸体，对着跪了一地的人说道：“看见了没有，乱说话的，不会说话的就是这个下场，希望你们自己心里明白。”
一百多人愣是不敢答话，魏忠贤冷哼了一声转身离开了，东厂的人将御前侍卫和锦衣卫的人扒拉到一边开始登船进行清理善后工作。
皇上被送回宫内，立刻有最顶尖的十几名太医进行医治，因为震天雷的爆炸将外壳上涂抹的毒药的分子结构破坏，而且只是一小块铁片擦破了天启的皮肤，所以虽然药力发作可是比起原来这种毒药的毒性，已经是大大减弱，天启虽然昏迷不醒，但是还不至于当场一命呜呼，魏忠贤赶到宫内，太医们正在奇怪皇上怎么会受到这样的伤，而且看脸色和脉象竟然是中毒，有着丰富医治经验的太医院的名医们一看到已经发紫发黑的伤口，立刻明白皇上是被有毒的利器刺破了肌肤，导致中毒昏迷，可是皇宫大内，怎么会发生这样的事情，莫非...他们不敢再往下想，正好魏忠贤赶到宫内，魏忠贤看看太医们的表情就明白了大概，他带着一丝残忍和冷酷直直的盯着太医们，太医们被他盯的毛骨悚然，魏忠贤用阴恻恻的声音说道：“咱家知道你们心里在想什么，你们现在的任务就是治好皇上，如果有半句闲话或者皇上有什么三长两短，咱家只好请各位下去给皇上治病了。”
十几门名太医双膝酸软，扑通扑通跪倒在地，捣蒜般磕头道：“请厂公放心，小的们不敢，小的们不敢。”
太医们忙活一通，因为不知道天启中的是哪一种毒药，只能采用覆盖法医治，将可能的解药逐一尝试，同时用针灸吊住性命，终于其中一味药起了作用，皇上的脉象渐渐平稳，太医院院正荣祖化立刻拿出太医院的镇院之宝，一颗高丽进贡的千年老山参，熬出汤药，掰开皇帝的嘴，慢慢将药水强行喂进皇帝体内，这才将天启的命续上，虽然依旧是昏睡状态，可是暂时是保住了性命，至于能不能转危为安恐怕就要看造化了。
当晚，医治结束之后，荣院正嘱咐留守的太监宫女还有几名太医需要注意的事项之后，自己背起药箱，匆匆赶往太医院研究对策，他刚进门，发现太医院当中站满了穿着棕色曳撒的东厂番子，腰间的绣春刀在月光下散发着逼人的寒光，一个身穿黑色斗篷的瘦小身影站在院中。
荣祖化咽了咽口水，不知是进是退，那个身影转过来，正是魏忠贤，夜色太暗，周围的东厂番子们猛地点燃了手中的火把，火光摇曳，将魏忠贤的脸映衬的愈加阴沉，荣祖化双腿一软就跪下了，“不知厂公到访，有失远迎，下官下官...”他已经是结巴的说不下去了。
“荣院正起来进屋一叙吧。”魏忠贤疲惫的道。荣祖化只能硬着头皮进屋。
在太医院名医联合医治天启皇帝的时候，晚上魏忠贤已经是回到了自己的府邸，他甚至将他最喜爱的顾秉谦送给他的元代龙纹花瓶都打碎在地，他对着他的家将们咆哮道：“是谁！是谁！到底他妈的是谁！谁这么大胆要杀我！给我查给我查，将幕后主使碎尸万段！”魏忠贤仿佛疯了一般，披头散发的在堂间跳脚骂道。等到他的火发完了，被传唤来的锦衣卫指挥使田尔耕才敢上前答话。
“厂公，大致情况下官已经从您的家将头目嘴里了解过了，看来这次刺杀是针对厂公您的，至于幕后主使，下官回去之后就着手调查，锦衣卫的耳目遍布大明各地，想查此事应该不难，还请厂公给我一些时间。”田尔耕恭敬道。
“田指挥使，我想你应该明白，这次你不能动用锦衣卫的力量去查，你恐怕得想想别的法子，我的家将你可以拿去使用，锦衣卫里你只能挑一些你的心腹去查，还有动用你私人的力量去查，刺客混在锦衣卫当中，这些新入的护卫都是来自南镇抚司，恐怕你自己也脱不了干系，但咱家觉得你不会干这个蠢事，我想你应该明白我的意思。”魏忠贤还是阴阴的说道。
能做到锦衣卫指挥使，五彪之首，田尔耕可不完全是靠他老子田乐给他打通关节，他自己也是个绝顶聪明的投机主义者，要不然也不会魏忠贤一得势他就立刻改换门庭投入魏忠贤门下，魏忠贤刚才一提醒他就立刻想明白了其中的窍门，魏忠贤当然不能也不敢动用锦衣卫的力量去查，因为刺客临死前大喊诛杀魏忠贤，摆明了这群刺客是奔着魏忠贤来的，可是好死不死，魏忠贤自己没事，反而是皇帝受了伤，所以他才会立刻封锁消息，这意味着，如果动用锦衣卫的力量去查，上万锦衣卫，只要一个人走漏风声，传到清流和东林党的耳朵里面去，恐怕魏忠贤就是有十个脑袋也不够砍得，到时候天下人人得而诛之，因为你魏忠贤的仇家竟然连累皇上，这个罪名魏忠贤担当不起。所以他才会叮嘱在场之人和田尔耕秘密去查。
田尔耕跪在地上道：“遵命，下官明白厂公的意思，厂公放心，这些人能进入南镇抚司，恐怕是咱们锦衣卫内部有鬼，南北镇抚司可疑人员一个也跑不了，我立刻去查。”
魏忠贤点点头，对着门外道：“魏廷，你带人去助田指挥使一臂之力。”
门外走进来一个身穿白衣，颇有几分仙风道骨的年轻人，只听他用和魏忠贤一样尖细的声音道：“孩儿谨遵义父之命。”
让我们回到太医院，荣祖化跟着魏忠贤进屋，魏忠贤坐在一把木椅上，荣祖化跪在地上，一揖到地，将头深深的埋在两个胳膊之间。
魏忠贤开口道：“荣院正，不必害怕，咱家不会吃了你，咱家只想问一句话，问完就走。”
“厂公请讲，下官一定知无不言。”
“好，咱家只问一句，皇上还有的救吗？咱家要听真话。”外面咔嚓一声惊雷，夏季的暴雨总是来得这么突然，闪电划过，魏忠贤的脸就像从古墓中走出的僵尸一样，惨白阴森。
荣祖化双股战栗，“回...回...回禀厂公，依下官多年的经验判断，恐怕这次皇上九死一生，极有可能熬不过多久了。”说完已经是瘫软在地，魏忠贤立刻起身走出了门外，早有东厂的番子支起了油纸伞，一群人呼啦一下撤了干净，荣祖化回头看看院子里已经无人，才颤颤巍巍的站起来，不住的擦拭着脸上的冷汗。