谯王司马尚之在牛渚大败庾楷，庾楷单人匹马投奔桓玄。司马道子任命司马尚之为豫州刺史。
司马尚之弟弟司马恢之为骠骑司马、丹杨尹，司马允之为吴国内史，司马休之为襄城太守，各自手握兵马，作为司马道子外援。乙巳日，桓玄在白石大败朝廷军队。
桓玄与杨佺期进军横江，司马尚之溃退，司马恢之统领水军全军覆没。
丙午日，司马道子驻守中堂，司马元显镇守石头城；己酉日，王珣驻守北郊，谢琰屯兵宣阳门，严密布防。
王恭一向凭借家世才学盛气凌人。诛杀王国宝之后，自以为权威无人能挡。依靠刘牢之充当爪牙，却只把他当作普通部将对待。刘牢之才华出众，内心深感屈辱。
司马元显得知内情，派遣庐江太守高素游说刘牢之反叛王恭，许诺事成之后把王恭的官职全部授予刘牢之；同时送上司马道子书信，向刘牢之陈明祸福。
刘牢之对儿子刘敬宣说：“王恭蒙受先帝厚恩，身为国舅，不能辅佐王室，屡次发兵威逼京城。我无法判断王恭最终目的，倘若叛乱成功，他愿意臣服天子与会稽王吗？我打算依靠朝廷威势，顺天意讨伐叛逆，你认为如何？”
刘敬宣答道：“朝廷虽然比不上上古盛世，但也没有昏君暴政；王恭依仗武力，欺凌皇室。您和王恭没有血缘至亲，君臣情谊本就淡薄，共事之时便心意不合。如今讨伐他，谈不上背弃情义。”
王恭参军何澹之得知密谋，禀报王恭。
王恭因为何澹之素来和刘牢之有仇怨，不肯相信。于是摆设宴席宴请刘牢之，当众和他结拜为兄弟，精锐兵器全部交由刘牢之统领，命刘牢之带领帐下督颜延担任先锋。
刘牢之进军竹里，斩杀颜延，归降朝廷；派遣刘敬宣与女婿东莞太守高雅之回军突袭王恭。王恭正在城外阅兵，刘敬宣骑兵突然冲杀，王恭军队溃散。王恭打算退回城内，高雅之已经关闭城门。
王恭单人骑马逃往曲阿，平日不善骑马，大腿磨出伤口。曲阿人殷确是王恭旧属，用船只搭载王恭，准备投奔桓玄。走到长塘湖，遭到人告发，王恭被捕押送京城，在倪塘斩首。
临刑之时，王恭依旧整理胡须鬓发，神色镇定，对行刑之人说：“我错在轻信他人，才落到这般下场。追溯本心，我难道不是忠于朝廷吗！只求百年之后有人记得王恭这个人。”
王恭子弟与党羽全部处死。朝廷任命刘牢之接替王恭，都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬州晋陵诸军事。
不久，杨佺期、桓玄抵达石头城，殷仲堪进驻芜湖。司马元显从竹里火速赶回京城，派遣丹杨尹王恺征调京城数万百姓驻守石头城抵御敌军。
杨佺期、桓玄上书为王恭申诉，要求诛杀刘牢之。刘牢之率领北府兵赶赴京城，驻扎新亭。
杨佺期、桓玄见到北府大军，心生畏惧，撤军驻守蔡洲。朝廷不清楚西部联军实力，殷仲堪数万大军逼近京城近郊，朝野极度恐慌。
左卫将军桓修是桓冲之子，向司马道子献策：“西部联军可以离间瓦解，我清楚他们内部矛盾。殷仲堪、桓玄联军原本依靠王恭，王恭败亡，众人军心动摇。
如今用厚利拉拢桓玄与杨佺期，二人必然心中欢喜；桓玄可以牵制殷仲堪，还能鼓动杨佺期倒戈攻打殷仲堪。”
司马道子采纳计策，任命桓玄为江州刺史。征召郗恢入朝担任尚书，任命杨佺期接替郗恢，都督梁、雍、秦三州军务、雍州刺史。
任命桓修担任荆州刺史，暂且带领左卫兵马赴任，命令刘牢之派遣一千士兵护送桓修。贬殷仲堪为广州刺史，派遣殷仲堪叔父太常殷茂宣读诏书，勒令殷仲堪撤军。
殷仲堪接到贬官诏书勃然大怒，催促桓玄、杨佺期继续进兵。桓玄、杨佺期十分满意朝廷新任命，想要接受官职，迟疑不定。
殷仲堪得知，立刻从芜湖向南撤军，派人通告蔡洲驻军：“你们如果不各自解散回家，我回到江陵之后，诛杀你们全部家属。”
杨佺期部将刘系率领两千人先行西撤。桓玄等人恐惧，慌忙向西退兵，追到寻阳追上殷仲堪。殷仲堪失去荆州职位，需要依靠桓玄、杨佺期支援；桓玄二人也需要殷仲堪兵力，虽然互相猜忌，形势迫使他们联合。
三方交换子弟为人质，壬午日，在寻阳结盟，一同拒绝朝廷诏令，联名上书为王恭鸣冤，要求诛杀刘牢之与司马尚之；同时申诉殷仲堪无罪，不该单独遭到贬黜。
东晋朝廷十分忌惮联军，天下骚动。
东晋朝廷撤销桓修荆州任命，把荆州归还殷仲堪，颁布温和诏书安抚调停，殷仲堪等人这才接受诏令。御史中丞江绩弹劾桓修一心谋求私利，误导朝廷，朝廷下诏免去桓修官职。
当初，桓玄驻守荆州，行事骄横放纵。殷仲堪亲信全都劝说殷仲堪除掉桓玄，殷仲堪没有听从。
寻阳结盟之后，殷仲堪看重桓玄名望，推举桓玄担任盟主，桓玄愈发傲慢自大。
杨佺期性格强悍高傲，桓玄常常轻视他，把他视作寒门。杨佺期怀恨在心，悄悄劝说殷仲堪，趁结盟现场突袭桓玄。
殷仲堪忌惮杨佺期兄弟勇武，担心除掉桓玄之后无法控制杨氏，极力制止。众人各自返回治所。
桓玄得知杨佺期图谋，暗中打算吞并杨佺期；于是驻守夏口，任用始安太守卞范之为长史，充当谋主。此时朝廷唯独不肯赦免庾楷，桓玄任命庾楷为武昌太守。
原先，郗恢替朝廷抵御西部联军。
桓玄还没有得到江州时，想要夺取郗恢的雍州，计划调任郗恢去广州。郗恢得知消息十分恐慌，征询下属意见。
众人说：“如果杨佺期前来接管，我们人人愿意死战；若是桓玄前来，恐怕难以抗衡。”
不久传来消息，杨佺期接替雍州刺史，郗恢联合闾丘羡打算起兵抗拒。
杨佺期听闻，对外宣称桓玄大军进入沔水，自己担任先锋。郗恢部下信以为真，不战溃散，郗恢只得出降。
杨佺期进入州府，斩杀闾丘羡，放郗恢返回京城。郗恢走到杨口，殷仲堪暗中派人刺杀郗恢以及他四个儿子，对外谎称遭到蛮人杀害。
东晋局势混乱之时北方燕国却因一道奏疏陷入争论……