洪武二十九年（4093年）三月戊午日初一，四川永宁州土官剌他的儿子剌马逃等人，酉阳军抚司土官冉兴邦等人进贡地方特产，（朝廷）按不同情况赏赐钞币。
沈阳卫发生火灾，火势蔓延烧毁了仓库以及军民的房屋。
派遣官员前往四川天全、六番招讨司，核实洪武二十四年到二十六年的茶税。
庚申日，命令中军都督府都督佥事朱信、前军都督府都督佥事宣信，统领神策卫、横海卫、苏州府太仓卫等四十卫的将士八万多人，从海道运输粮食到辽东，来供给军队的粮饷。总共赏赐了二十九万九千九百二十锭钞。
辛酉日，皇帝召楚王朱桢、湘王朱柏到京城。
壬戌日，按照等级给广东以及贵州、平越等地被击溃后重新聚集起来的鞑靼士兵七百多户赏赐钞币。
甲子日，当今皇上率领各路军队向北到达彻彻儿山，遭遇胡人的军队，（便）与他们交战，擒获了他们的主将孛林帖木儿等几十人。（明军）追击到兀良哈秃城，遇到哈剌兀，又与他交战，打败了他，于是就回师了。
丙寅日，广东揭阳县奏报：近来改设蓬州千户所，修筑城池的时候，侵占了百姓的田地。皇帝下诏书免除他们的租税。
任命国子监学正吴起暂代祭酒职务，博士杨淞暂代司业职务，学录张毅暂代监丞的职务。皇上晓谕他们说：太学，是国家培育人才的地方，天下的人才都聚集在此，做太学教师的不专门致力于知识渊博、强于记诵，而在于检点自身、整饬行为，坚守正道、保持尊严，让学生敬仰、爱慕，每日向好的方面转变，这样贤能的人才就众多了。
大概是因为老师受到敬重，那么他所传授的道理、知识、技能才会受到尊重；道理、知识、技能受到尊重，才能够树立良好的品德。从前胡翼之担任太学的老师，严格制定学规，并且以身作则，这是最值得效仿的。
赐予在京城的五品以上文职官员以及翰林院中书舍人、给事中、王府长史、纪善每人一匹高丽布。
丁卯日，掌管云南都指挥使司都督佥事职务的瞿能前来朝见，皇帝赐给他二百两白银、三百锭纸钞，还有各十匹有花纹的丝织品和帛。
楚王朱桢、湘王朱柏返回自己的封国。
戊辰日，在三山门外建造的石桥竣工，赏赐了两千多名工匠每人一斤胡椒、五斤苏木。
己巳日。赏赐在京城的旗手等卫的军士二十二万二千多人，夏布五十五万三千九百多匹。
庚午日，皇帝认为清州古城地势宽广，是苗人蛮人进出骚扰边境的地方，命令设置千户所守卫此地。
下令让官吏和百姓中有犯流放罪行的人，用砖修补京城城墙各一尺。赐予京城卫所指挥、千户以下的官员每人三十石麦子，那些监工退休的官员也一样给予赏赐。
辛未日，朝廷任命山丹卫退休的百户杨义为辽东都指挥佥事。杨义，巢县人，是原来的元帅俞昭妻子的弟弟。因为征战而受伤致病，已经下令让他退休还乡。到这时他来朝见，皇帝看到后怜悯他，所以有了这个任命。
四川黄禄井每年煎制盐的数量较多，但达不到原来规定的数额，有关部门请求开煎小德井的盐，用来弥补数量的不足。皇帝同意了。
命令赏赐天策卫前往广西驾船的一千五百二十名军士，共七千七百二十六锭钞。
壬申日，行人司副杨砥说：“孔子庙中从祀的诸位贤人，都对世教有功劳。像西汉杨雄曾在叛贼王莽手下任职，还忝列孔庙从祀，而像董仲舒这样的贤人，反而不能位列其中，这种事情有关名教，是非常错误的。应该罢黜扬雄而进用董仲舒，这样礼典就明确了。”皇帝采纳了他的建议，下令除去杨雄的牌位，将董仲舒的牌位立在孔庙中。
癸酉日，征虏前将军指挥佥事胡冕等人上奏说：“郴、桂二州多次被瑶人盗贼掠夺，蓝山等县的芭篱、召慕等地方，山谷深邃，是盗贼出入的地方，应该设立两个千户所，分兵屯守，这样农田就不会荒废，百姓也能安居乐业。”皇上听从了他的建议，于是诏令胡冕等人班师回朝。
甲戌日，月亮冲犯了房宿第二颗星。
戊寅日，陕西延安府知府李广因罪被关进监狱，同知李受上奏说他勤勉政事、爱护百姓，请求饶恕他的罪过。听从了他的建议。
诏令湖广九溪卫建造仓库，贮存收缴的盐粮，让卫镇抚掌管此事。
在宁国府南陵县的峨岭设置巡检司。
己卯日，流星呈现出赤黄色，从亢宿升起，向东运行，到天市西垣里面消失了。
庚辰日，给京卫军士胡椒各一斤，苏木各三斤。赏赐跟随出征广西的虎贲卫等将士四千九百多人，共两万七千二百二十八锭钞。
清水江中平等寨的蛮人聚众叛乱，贵州守卫官军将他们抓捕，抓获五百名参与叛乱的蛮人，戴上枷锁送到京城，皇帝都赦免了他们的死罪，给他们衣服，把他们发配到三万卫戍边。
壬午日，朝廷派遣行人陈诚册封撒里畏兀儿为安定卫指挥使司。当初，安定王卜烟帖木儿派使者前来朝贡，皇帝下诏将他的部众设立为四部，赐给他们铜印，让他们守卫当地。后来番将朵儿只巴叛逃到沙漠，路过此地，大肆杀掠，还抢走了印信，从此该部就衰弱了。
蓝玉西征，兵锋直指阿真川，当地的酋长司徒哈昝等人感到恐惧，纷纷逃匿在山谷中，不敢露面。等到肃王朱楧前往甘州就藩时，哈昝等人派僧人撒儿加藏卜等人到甘州拜见肃王，请求授予官职以安抚部属。宁王向朝廷上奏请求，于是朝廷派遣陈诚建立他的部落为安定卫，拿五十八枚铜印赐给他们，按照其他卫所的制度设置官员属吏。
癸未日，大宁卫报告说：‘屯田的士兵大多缺少农具。’红螺山以前有铁场，应该开设炉冶，制造器具来供给（所需）。皇帝说：“在远方戍守非常辛苦，不能再让他们做过多的劳役，命令有关部门把农具运送给他们。”
任命都督佥事徐增寿为右军都督府左都督，左都督李增枝为前军都督府左都督，沐晟为后军都督府左都督，汤醴为左军都督府都督同知，袁宇为后军都督府都督同知；都指挥使韩观为右军都督府都督同知，指挥使李谅为中军都督府都督佥事。
苏州府崇明县宝庆观的道童孙守常说：洪武十九年改建城墙，侵占了官民田地，但租税却没有减免。皇帝下诏书，全部免除了这些赋税。
甲申日，监察御史严震直从广西返回京城，说：“平乐地区地域宽广，人口稀少，那里的运输船只不够用，请从临近地区的民户中增加一些人口来帮助完成运输工作。”皇上说：“那些百姓已经困苦不堪，却又进一步使边境地区的百姓困苦，这是不行的。”命令司法部门把有罪的人记录下来，让他们购买船只依次运送物资来为自己赎罪。
乙酉日，在桂阳县土桥设置广安千户所，在蓝山县张家坡设置宁溪千户所。当时郴州、桂州二州的百姓说：‘连年被徭蛮抢掠，官军到来时他们就躲进山谷，官军撤退后他们又重新聚集，这都是因为防守的士兵离得太远的缘故。’请求在各县的要害之地增加戍守的士兵。于是建立了两个千户所来守卫这里。
丙戌日，陕西汉中府汉阴县知县郭鼎说：“这里有很多人家死绝，田地荒芜，应当免除他们的赋税。”听从了他的建议。赐给旗手等卫所征伐广西的将士三千九百九十四人，钞币二万一千八百八十六锭。
丁亥日，增设山东济阳县小交村驿站，因为杨壸驿站距离遥远。任命监察御史辛彦德为都察院左佥都御史。
夏季四月戊子初一，东北方向天空传来声响。皇帝下诏将姚安府境内屯田的军士调拨隶属于云南护卫。当初，云南只有姚安有很多荒田，朝廷调岷府护卫的军士去屯种，设立了中屯千户所，到这时又将其拨归云南护卫。
任命宝庆卫指挥使孙宗为广西都指挥使；桂林中卫指挥佥事姜旺、锦衣卫指挥佥事童胜为都指挥同知；永州卫指挥佥事葛森、府军卫指挥佥事焦铭为都指挥佥事。当初，征伐广西的时候，皇上命令总兵官、都督杨文，等到平定贼寇之日，在诸位将领之中挑选那些才能和智谋可以胜任的人代理都司事务。到了这时，杨文将他们的名字上报给朝廷，所以才有了这个任命。
己丑日，皇帝在太庙祭祀。广西布政使司报告：“新设置的南丹、奉议、庆远三个卫所及富川千户所，每年的军饷需要二十多万石，当地政府征收的粮食不足以供给。皇上命令他们都去屯田。不久奉议卫上奏说：“本卫地处蛮峒，如果都出去屯田，万一发生紧急情况，仓促之间难以征调使用，应该以三分之一的人守城，七分之二的人屯田为好。”皇帝不答应。
长兴侯耿炳文上奏：“秦州茶马司不利于互市，请求迁到西宁。”命令户部商议这件事。
癸巳日，赏赐征讨广西的总兵官都督杨文三百两白银，文绮、帛各二十匹，钞一百锭。赏赐副总兵都督同知韩观一百两白金，十二匹文绮，十二匹帛，八十锭钞。
甲午日，羽林左卫百户林全征讨广西南丹州山寨，战死。这件事被皇帝知道后，皇帝下令追赠官职，赐下布米，并让工部为他办理丧事。
乙未日，代理北平都指挥使司事务的都督赵清进言说：‘先前奉皇帝的敕令调派军队守卫兴河、怀来，那里没有现成储备的粮食，原来操练的士兵，现在都去屯田耕种了，缺乏人员转运输送（粮食）。’不如在秋收的时候，将云州、宣德两个屯地所收获的粮食转运给他们。何况口内的驻军，在秋后农事空闲的时候，也可以运送粮食，希望有利于边疆。皇帝批准了他的奏请。
戊戌日，中军都督府都督佥事朱信进言说：“近年海运到辽东的粮食有六十万石，如今海船已经增多，应该增加运粮的数量。”皇帝下令增加十万石粮食，让苏州府嘉定县将粮食运到太仓，以便转运。
己亥日，废除了开封府的冯陵、十字河、龙堂、快活林、伞儿、三里、万龙以及陈州东桥一共八个水闸。
设置汉中府沔县的柏林驿、青阳驿，又将沔县的罗村驿改名为黄堤驿，将大安驿改名为金牛驿。又将南郑县的中梁驿迁到沔县，改名为黄沙驿。
庚子日，礼部上奏请求确定靖江王庶子、辅国将军的仪仗：牙杖一对，骨朵一对，鞍笼一个，马杌一个，茶褐色罗伞一把。他夫人的冠服有珍珠冠一顶、霞帔大衫一套、褙子一件。皇帝下诏同意了。
甲辰日，有一颗青白色的流星，从库楼星出现，向西南方向运行，到云中消失了。太阴星侵犯斗杓的第二颗星。
丙午日，皇上对身边的大臣说：‘我看古人对于声色的喜好，也不能没有。’就像公刘喜好财物，太王喜好女色，喜爱但不过分。像太康那样游乐无度，桀纣那样亲近宠幸，秦汉以后的帝王，沉溺于宫室、苑囿、畋猎、祷祠、奇巧淫技之类的事情，这就是喜好失去了分寸。喜好失去了分寸，这就是导致失败灭亡的原因。喜欢这些东西虽然不至于到过错的程度，但能不接近声色，不聚敛财物，只有成汤能做到。
监察御史王仲和说：“湘阴县县丞刘英用生皮革做鞭子，长三尺，中间夹着铜钱，打人打到皮肉开裂。”曾经出行，因为巡检没有出来迎接，（他）就愤怒地殴打巡检的妻子，几乎将她打死。请求逮捕并惩处刘英。
皇上说：“刑罚是在不得已的情况下才使用的，所以圣人常常心怀敬重与怜悯（来对待刑罚之事），只担心（刑罚）过度而波及无辜之人。”刘英只不过是一个县丞罢了，却残暴肆虐到了这种地步，难道没有听说过刘宽用蒲草鞭代替刑杖的事情吗？
况且法律记载的刑具，明确有固定的制度，（官员们）却弃之不用，而且像这样残酷（行刑），这是废弃我们的法律，难以用平常的法律来论罪。于是把刘英逮捕到京城，在闹市中斩首示众。
设置洱海卫中左千户所。将贵州都司所属的龙里、新添、都匀三个卫所改为军民指挥使司。
丁未日，琉球国中山王察度派遣他的臣子隗谷结致等人上表进贡二十七匹马以及地方特产。山南王承察度派使者上表进献土特产和二十一匹马。他的叔叔汪英紫氏也派使者吴宜堪弥结致等人进献了五十二匹马，七千斤硫磺，一千三百斤苏木。
戊申日，设置陕西宁夏、甘州两个群牧千户所。
甲寅日，代理国子监事务的学正吴启进言说：“国子监的师生按照惯例根据文学水平的高低分别隶属于六堂，近来都没有区分，不分高低，无法激励师生，应该按照惯例考察等级。”皇上命令魏国公徐辉祖以及礼部、翰林院的官员一同前往国子监考试，仍旧让吏部按照次序录用（人才），不要让（人才）被搁置不用。
这个月，右军都督府左都督宁正去世。
宁正，字正卿，是凤阳寿州人。他小时候被乡里人韦德成收养为子。元末，韦德成率领乡兵跟随明太祖朱元璋，攻克了滁州、和州二州，随后渡过长江，攻克了太平、建康，进军攻打宣州，宁正参与其中立有战功。
德成战死。朝廷下令追赠他为昭勇大将军、中翼元帅府副元帅、京兆郡侯，让他的儿子宁正继承他的官职，统领他的军队。跟随徐达攻克常州，晋升为怀远将军，又攻克宣州、江阴。
戊戌年，跟随太祖攻取婺州，又跟随常遇春攻克衢州，跟随太祖攻克江州，改任民兵千户，在鄱阳湖击败陈友谅的军队。调任天策卫千户之职，又改任雄武卫千户之职。跟随傅友德守卫徐州，与李二等人交战立下功劳。
吴元年，（他）被提拔为凤翔卫指挥副使。他跟随徐达平定中原，夺取了沂、莒、密三州，攻克了益都、济南、东昌，转而攻克汴梁、河南、嵩州，渡过黄河夺取了磁州、广平、通州，进而攻克了元朝的都城，招降了元将平章谢雪儿等八十多人，缴获了五百多匹马。
徐达攻占永平，擒获元朝将领平章高家奴，攻克真定，平定太原、平阳，从河中府渡过黄河，追击元朝将领孔兴等人，进军鹿台，攻打凤翔，驱逐了李思齐，于是又攻下了巩昌，攻克了平凉，到达定西六盘，招降了元朝知院毛翔，攻下了临洮。徐达命令宁正招安、安抚土豪赵脱儿、孙平章等以及马鞍山以西的各个土着酋长。
洪武三年五月，跟随邓愈攻克河州，留下正镇守。当时元镇西武靖王卜纳剌等各酋长仍拥有众多兵力，宁正派兵追到宁河，杀死、俘虏了很多敌人。于是沙家失里与各位酋长派人来请求投降，王正立刻骑马前往告知他们，酋长们都感到高兴，献出他们全部的军马以及元朝授予的金玉印章、金牌宣命，王正被提升为临洮卫世袭指挥同知。
又招降了元朝的宣政院使何锁南等人。不久朝廷设置河州卫，任命何正为指挥使，何正招抚撒里畏吾儿、安定王卜烟帖木儿等人，以及土番、朵甘、灌顶国师乌思藏等部落，他们都向朝廷进献了贡物。
七年，在河州改设西安行都指挥使司，任命宁正为都指挥使，晋升官阶为骠骑将军，统管朵甘、乌思藏都卫。邓正又招降元朝右丞相朵儿只失结等人，上奏朝廷设置西宁等卫所。八年，改西安行都指挥使司为陕西行都指挥使司，濮英仍为都指挥使。九年十月，他恢复了宁氏的姓氏，晋升为龙虎将军。恰逢川藏地区的少数民族强盗作乱，朝廷命令卫国公邓愈前去征讨，宁正跟随出征并立下功劳。
洪武十一年，西平侯沐英征讨西番，派遣曹正追击叛贼朵儿只巴。缴获了他们的羊、马、军用物资后返回。十二年，他兼任宁夏卫的事务。到了以后就修筑汉唐时期的旧渠，让军士屯田，引黄河水灌溉农田几万余顷，军队粮食充足。
十三年，蓝玉跟随西平侯沐英征讨北方，到达和林，擒获了元平章脱火赤、知院爱足，他们的部众有一万多人。十四年，他跟随西平侯沐英征讨公主山寨，歼灭了那里的守军，夺取了全宁四部。十五年，他被任命为四川指挥使。恰逢河西土官、原元朝左丞剌瓦蒙藏卜等人来投降，只有松、茂等州的西羌还没有归附，傅友德正调集军队讨伐他们，擒获贼寇首领杨知府。
洪武十九年，沐英改任云南都指挥使。二十一年，百夷凭借险要地势发动叛乱，贼将刀思郎等人聚集了十多万人，驱赶着一百多头大象抵御明军，沐正率领军队跟从西平侯沐英进军作战，斩杀了对方两名将领，贼众溃败奔逃，（明军）缴获了他们所有的象马。不久，东川地区的少数民族反叛，并且越州、龙海、广西等地的山寨也凭借险要地势作乱，陶正跟随西平侯沐英讨伐并平定了他们。
二十五年，沐英去世，朝廷下诏授予沐春荣禄大夫、右军都督府左都督的职位，代替沐英镇守云南。过了很久，朝廷任命他为平羌将军，统领陕西、四川的军队，讨伐阶文千户张者发动的叛乱，将叛乱平定了。二十八年正月，（他）率领军队跟随秦王前往洮州打鱼沟等地方，攻克平定了番邦贼寇。
三月回到京城。到这时他因病去世。皇上为此停止上朝一天，派官员前去吊唁祭祀。提拔他的儿子鹰扬卫指挥使李忠为前军都督府都督佥事。
撒马尔罕派回回人札鲁剌等一百九十一人来朝见，进献了一千零九十五匹马，皇帝下诏书赏赐二万五千一百九十锭宝钞。
《大明太祖圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝实录》卷之二百四十五。