自岛津与毛利二藩奉大明为宗主后，其势如烈火烹油，在九州与西国之地俨然成了不可撼动的存在。
更令周边诸藩瞠目的是，那些被幕府视为邪教妖人的天主教徒，如今竟在这两藩的领地上寻得了生机。经由停靠长崎、平户的英格兰与西班牙商船，一个消息在信徒间不胫而走：明朝皇帝虽不倡天主教，却亦不禁之。 只要安分守己，信徒在大明境内便与万千子民无异，绝无因信仰而遭迫害之虞。
此讯瞬间传遍了整个日本列岛。
顷刻间，无数隐匿于乡野、惶恐度日的天主教徒，如同找到了诺亚方舟，携家带口，冒着被搜捕的风险，向着萨摩与长州的领地涌去。浪人、工匠、乃至一些颇有学识的切支丹（天主教徒）学者，都成了这支迁徙大军中的一员。
在萨摩的鹿儿岛港，一艘破旧的小船靠岸，上面挤满了面黄肌瘦的信徒。为首的是一位原在长崎担任通译的保罗·高山，他踏上码头，望着港口悬挂的镇海将军旌旗热泪盈眶，对迎接的萨摩武士道：我们……我们终于到了主的应许之地，也是大明庇护之地！
其他忠于幕府的藩国，如肥前、筑前等，自然不愿坐视此等之行。他们曾试图在边境设卡拦截，甚至派兵追捕。
然而，每当他们的足轻队伍逼近边界，意图越境拿人之时，对面总会赫然亮出那面玄底金日月的字大旗，以及岛津家的十字丸旗或毛利家的一文字三星旗。
萨摩的边境武士会按着刀柄，傲然立于界碑之上，声音带着毫不掩饰的轻蔑：喂，那边的！眼睛瞎了吗？看不见这旗？此乃大明皇帝亲赐！这片地，如今是我家将军替天朝镇守的！尔等敢踏进一步，便是犯我大明疆界！是想试试天朝水师的炮舰利不利吗？
追兵闻言，无不色变，望着那猎猎作响的日月旗，仿佛看到了远方海平面上那如山峦般的明军战舰，最终只能悻悻退去，最多在后面骂一句：狐假虎威！
在岛津与毛利的默许甚至保护下，其领内的天主教活动从地下转为半公开。荒废的教堂被重新修缮，信徒们甚至可以邀请来自澳门的传教士（以商贾名义）前来主持弥撒。当然，这一切的前提是——绝对服从藩主的统治，不得以教权干涉政务。
岛津光久甚至对家臣坦言：切支丹中，不乏精通火器铸造、医术、航海之术的能手。他们来了，便能增强我萨摩的实力。至于他们拜的是上帝还是佛祖，与我何干？只要他们认的是鹿儿岛的城印和大明的日月旗，便是好臣民。
消息传至江户，德川家光勃怒欲狂，却投鼠忌器。
混账！岛津、毛利二贼，竟敢公然庇护国贼！还有那明朝皇帝，纵容邪教，乱我国体！ 他在密室中咆哮，却不敢公然下发针对此二藩的讨伐令。
最终，只能严令其他各藩加强宗门改（宗教审查），更加残酷地镇压其领地内的天主教徒，同时暗中诅咒：尔等且猖狂，待我……
然而，谁都明白，那面日月旗，已成了一道无形的护身符。在它的阴影下，九州与西国的天空，已然变色。岛津与毛利，不仅在地缘上，更在信仰和人心上，为自己构筑了一道幕府势力难以穿透的屏障。
暖阁内，
朱由检放下手中的《崇祯时历》草稿，抬起眼，脸上露出极为古怪的神情，他看着恭敬站在下方的汤若望，仿佛没听清似的又问了一遍：“汤先生，你方才说……你准备去日本？”
“是的，陛下。”汤若望推了推鼻梁上的眼镜，语气平和却坚定，“那里的教友正在黑暗中挣扎，他们需要引导，需要上帝的光辉，也需要……来自天朝陛下的恩泽所能带来的庇护。”
“啊……这……”朱由检的眉头拧了起来。他确实需要汤若望留在身边，无论是编修历法，还是顾问西洋火炮与格物之学，此人都是不可多得的人才。更何况，日本如今局势微妙，虽有两藩归附，但终究是异国他乡，风险难测。
“汤先生，朕的《崇祯时历》尚未修撰完毕，诸多关节还需倚重于你。况且，”他顿了顿，语气带着真实的担忧，“那东瀛之地，局势错综复杂，德川幕府与朕貌合神离，萨摩、长州也非绝对安稳。你此去，安危难料，朕实在不放心。”
“陛下，”汤若望深深一躬，蓝灰色的眼眸中闪烁着一种近乎虔诚的光芒，“历法之学，基础已定，陛下麾下英才辈出，稍假时日必能竟全功。然日本教友之呼唤，乃是在下的使命。承蒙陛下恩泽，如今萨摩、长州已能容身，此正是主开启的门户。在下只去一年半载，定当返回，继续为陛下效劳。”
见他心意已决，朱由检知道强留不住。他沉吟片刻，终究是爱才之心占了上风，同时也有一层更深远的考量——让汤若望这样一位亲近大明的西洋学者前往，或许也能加强大明在日本的文化影响力。
“罢了，既然你执意要去……”朱由检叹了口气，随即神色一正，扬声唤道：“曹大伴！”
一直侍立在旁的曹化淳立刻应声：“老奴在。”
“传旨给卢象升，让他从近卫军中挑选一队最精悍的士卒，人数不必多，但务必要机警可靠、身手不凡。再调一艘坚固的快船，配齐火炮火铳。”
朱由检看向汤若望，语气不容置疑，“汤先生，朕派他们护送你往返。记住，你的安全第一，到了日本，凡事多与岛津、毛利两家商议，若事有不对，立即撤回！朕还在南京等着你回来，一同将这部新历写完！”
汤若望闻言，心中涌起一股暖流。他再次深深鞠躬，这一次，声音带着一丝不易察觉的哽咽：“陛下隆恩……臣，感激不尽！必不辱使命，亦必如期归来！”