起昭阳单阏（癸卯），尽阏逢执徐（甲辰），凡二年。
安皇帝戊
元兴二年（癸卯，公元403年）
1春季，正月，卢循派司马徐道覆侵犯东阳（今浙江金华）；二月，辛丑（初八），建武将军刘裕击败了他。徐道覆是卢循的姐夫。
2乙卯（二十二日），东晋任命太尉桓玄为大将军（胡三省注：大将军从汉以来，职位名称崇高重要，担任此职的都掌握朝政大权。晋初，以司马孚为太尉，上奏将大将军位在太尉之下，后来恢复旧制，在三司之上）。
3丁巳（二十四日），桓玄杀了冀州刺史孙无终（胡三省注：孙无终也是北府旧将）。
4桓玄上表请求率领各路军队扫平关中、洛阳，不久又暗示朝廷下诏不允许，于是说：“奉诏所以停止。”桓玄起初想整理行装，先命令制作轻便的船，装载服饰玩物、书画（胡三省注：舸指大船；《方言》中，南楚江湖称船为舸；画与“画”同）。有人问原因，桓玄说：“战事凶险，万一有意外，应当让这些东西轻便容易运输。”众人都嘲笑他（胡三省注：桓玄的心态始终如此。当时人误把他当作雄豪而畏惧，所以每次遇到他就失败。峥嵘洲之战，刘道规等人了解他的为人而直接攻击，一败就能再振作了）。
5夏季，四月，癸巳朔（初一），发生日食。
6南燕主慕容备德的旧部下赵融从长安前来，他这才得知母亲和哥哥的死讯，慕容备德放声痛哭，吐血不止，因此病倒。
司隶校尉慕容达谋反，派牙门皇璆（璆，qiu）攻打端门，殿中帅侯赤眉打开城门响应（胡三省注：殿中帅如同晋朝的殿中三部督）；中黄门孙进搀扶着慕容备德翻墙躲到孙进的住处。段宏等人听说宫中有变，率兵驻守四门。慕容备德回到宫中，诛杀了侯赤眉等人；慕容达出逃北魏。
慕容备德优待迁徙来的百姓，让他们长期免除徭役；百姓因此互相包庇隐瞒，有的百户合为一户，有的千丁共立户籍，以此逃避赋税徭役。尚书韩请求加以核查，慕容备德听从了他的建议，派韩巡视各郡县，查出隐瞒的户口五万八千户。
7泰山贼寇王始聚集几万人，自称太平皇帝，设置公卿官员；南燕桂林王慕容镇讨伐并擒获了他。临刑时，有人问他的父亲和兄弟在哪里，王始说：“太上皇流亡在外，征东、征西将军被乱兵杀害。”他的妻子愤怒地说：“你正是因为这张嘴才获罪，怎么还这样！”王始说：“皇后不知道，自古以来哪有不灭亡的国家！朕虽驾崩，终究不改变国号！”（胡三省注：史书记载王始僭称皇帝，到败亡都不后悔）
8五月，后燕王慕容熙修建龙腾苑，方圆十多里，役使劳工二万人；在苑内修筑景云山，地基宽五百步，山峰高十七丈。
9秋季，七月，戊子（二十七日），北魏主拓跋珪向北巡视，在豺山（今山西右玉北）建造离宫。
平原太守和跋奢侈豪爽，喜好名声，拓跋珪厌恶他而杀了他，让他的弟弟和毗等人去和他诀别。和跋说：“灅水以北土地贫瘠，可迁到水南，努力谋生。”并且让他们背叛自己，说：“你们怎么忍心看着我死呢！”和毗等人明白了他的意思，谎称是使者，逃入后秦。拓跋珪发怒，诛灭了他的家族。中垒将军邓渊的堂弟尚书邓晖与和跋交好，有人向拓跋珪诬陷说：“和毗出逃，实际上是邓晖送他走的。”拓跋珪怀疑邓渊知道他们的阴谋，赐邓渊死。
10南凉王秃发傉檀（傉，nu）和沮渠蒙逊（沮，ju）互相出兵攻打吕隆，吕隆为此担忧。后秦的谋臣对秦王姚兴说：“吕隆凭借先代的基业，在黄河以西独断专行，现在虽然饥饿困窘，还能自我支撑，如果将来物资丰富，终究不会归我们所有。凉州地势险要隔绝，土地肥沃，不如趁他危难的时候夺取它。”姚兴于是派使者征召吕超入朝侍奉。吕隆考虑到姑臧最终无法保全自己，就通过吕超请求归降后秦。姚兴派尚书左仆射齐难、镇西将军姚诘、左贤王乞伏乾归、镇远将军赵曜率领四万步兵骑兵到河西迎接吕隆，南凉王秃发傉檀收兵退守昌松、魏安二地以避让他们。八月，齐难等人到达姑臧，吕隆乘着素车白马在路旁迎接。吕隆劝说齐难攻打沮渠蒙逊，沮渠蒙逊派臧莫孩（孩，hái）抵抗，打败了他的前军。齐难于是和沮渠蒙逊结盟；沮渠蒙逊派弟弟沮渠挐（挐，ru）入朝向秦进贡。齐难任命司马王尚代理凉州刺史，配给三千士兵镇守姑臧，任命将军阎松为仓松太守（胡三省注：仓松，即汉昌松县），郭将为番禾太守，分别戍守二城，迁徙吕隆的宗族、僚属以及百姓一万户到长安。（《载记》说：从吕光到吕隆共十三代而灭亡）姚兴任命吕隆为散骑常侍，吕超为安定太守，其余文武官员根据才能提拔任用。
当初，郭黁（黁，nun）常说“取代吕氏的是姓王的”，所以他起兵时，先推王详，后推王乞基（胡三省注：事情见一百九卷隆安元年）；等到吕隆东迁，最终是王尚取代了他。郭黁跟随乞伏乾归投降后秦（胡三省注：降，指投降），认为灭亡后秦的是晋朝，于是前来投奔，后秦人追上他，杀了他（胡三省注：郭黁自信他的方术，希望通过动乱求福，却最终被杀，足以表明天道难以知晓）。
沮渠蒙逊的伯父中田护军沮渠亲信、临松太守沮渠孔笃，都骄横放纵成为百姓的祸患（胡三省注：根据《晋书·蒙逊载记》，中田护军大概是吕光设置的，镇守临松）。沮渠蒙逊说：“扰乱我的法令的，是二位伯父。”都逼迫他们自杀。
后秦派使者梁构到张掖，沮渠蒙逊问：“秃发傉檀为公爵而我为侯爵，为什么呢？”（胡三省注：后秦封秃发傉檀为广武公，封沮渠蒙逊为西海侯，事情见上卷上年）梁构说：“秃发傉檀凶狠狡猾，忠诚还不明显，所以朝廷用高官虚名笼络他。将军忠诚可昭日月，应当入朝辅佐帝室，怎能用不信任的态度对待呢！圣朝封爵必定与功劳相称，比如尹纬、姚晃，是辅佐创业的大臣，齐难、徐洛，是一时的猛将，爵位都不过侯伯，将军凭什么要在他们之上呢！从前窦融恳切坚决地辞让，不想位居旧臣之上（胡三省注：事情见四十三卷汉光武帝建武十三年），没想到将军突然有这样的疑问！”沮渠蒙逊说：“朝廷为什么不就近封我张掖而要远封西海呢？”梁构说：“张掖，将军已经自己占有了，之所以远授西海，是想扩大将军的封国啊。”沮渠蒙逊很高兴，于是接受了任命。
11荆州刺史桓伟去世，大将军桓玄以桓修代替他。从事中郎曹靖之劝桓玄说：“桓谦、桓修兄弟专权控制朝廷内外，权势太重。”桓玄于是任命南郡相桓石康为荆州刺史。桓石康是桓豁的儿子。
12刘裕在永嘉打败卢循，追到晋安（胡三省注：晋武帝太康三年，分建安设立晋安郡，就是现在的泉州南安县），多次打败他，卢循从海上向南逃走。
何无忌暗中到刘裕那里，劝刘裕在山阴起兵讨伐桓玄。刘裕和当地土豪孔靖商议，孔靖说：“山阴离都城路途遥远，举事难以成功；而且桓玄还没有篡位，不如等他篡位后，在京口图谋他。”刘裕听从了他的建议。孔靖是孔愉的孙子（胡三省注：孔愉在晋元帝、明帝、成帝时为官）。
13九月，北魏主拓跋珪前往南平城（胡三省注：晋愍帝建兴元年，代公拓跋猗卢以盛乐为北都，修建旧平城为南都。又向南一百里，在灅水之阳的黄瓜堆修筑新平城，就是所谓的南平城；唐代朔州西南有新城，就是这个地方），规划灅水以南地区（胡三省注：从灅水向南到夏屋山，都是灅南地区），准备建立新都。
14侍中殷仲文、散骑常侍卞范之劝大将军桓玄早日接受禅让，暗中撰写九锡文和册命。任命桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、领司徒，桓胤为中书令，加授桓修为抚军大将军。桓胤是桓冲的孙子。丙子（十六日），册命桓玄为相国，总领百官，封十郡，为楚王，加九锡，楚国设置丞相以下官员。
桓谦私下问彭城内史刘裕说：“楚王功勋德行隆重，朝廷的人心，都认为应当举行禅让，你认为怎么样？”刘裕说：“楚王是宣武公（桓温，胡三省注：桓温谥号宣武）的儿子，功勋德行盖世，晋朝衰弱，民心早已转移，顺应时运禅让帝位，有什么不可以的？”桓谦高兴地说：“你说可以就可以了。”（胡三省注：刘裕是一代枭雄，桓谦向他询问来决定可否，刘裕用假话顺从他的心意，所以桓谦高兴）
新野人庾仄（仄，zè，从“厂”，不从“广”），是殷仲堪的同党，听说桓伟死了，桓石康还没到，于是起兵在襄阳袭击雍州刺史冯该，赶跑了他。庾仄有部众七千人，设祭坛，祭祀七庙，说“要讨伐桓玄”，江陵震动。桓石康到了荆州，发兵攻打襄阳，庾仄战败，逃奔后秦。
15高雅之上表南燕主慕容备德，请求讨伐桓玄说：“即使不能平定吴、会（指江东地区），也可以收复江北的土地。”中书侍郎韩范也上疏说：“现在晋室衰乱，江、淮南北，户口没多少，兵马薄弱。加上桓玄叛逆，上下离心；凭陛下的神武，派一万步兵骑兵进军，他们必定土崩瓦解，军队不用停留。得到并占有那里，秦、魏都不值得对抗；开拓疆土建立功业，正在今天。错过时机不夺取，等他们的豪杰诛杀桓玄，再修明德政，岂止是建康得不到，江北也没希望了。”慕容备德说：“朕因为旧国覆灭，想先平定中原，再扫荡荆、扬，所以没有南征。命令公卿商议这件事。”于是在城西讲武，有步兵三十七万人，骑兵五万三千匹，战车一万七千辆。公卿都认为桓玄刚得势，不可图谋，于是停止。（胡三省注：慕容德夺取青州，到这时才五年，有这样的部众，不能趁时机利用，是自己知道他的才能不足以对付桓玄）
16冬季，十月，楚王桓玄上表请求返回藩国，让皇帝亲手写诏书坚决挽留他。又谎称钱唐临平湖（胡三省注：临平湖的草常常丛生堵塞，打开就天下太平）开通，江州降下甘露，让百官集会庆贺，用作自己接受天命的符兆。又因为前代都有隐士，以自己时代唯独没有为耻，找到西晋隐士安定人皇甫谧的六世孙皇甫希之（胡三省注：晋室东迁，以洛阳为西朝。皇甫谧在魏、晋之间征召不就任，自号玄晏先生），供给他们费用，让他隐居山林；征召为着作郎，让皇甫希之坚决推辞不就任，然后下诏表彰礼遇，称他为高士。当时人叫他“充隐”（胡三省注：实际不是隐士却用来凑数，所以叫充隐）。又想废除钱币改用谷物、布帛以及恢复肉刑，制度变更繁多，意志不坚定，变来变去，最终没有施行。性格又贪婪鄙俗，士人有书法、好画（胡三省注：法书指有法度的书法真迹；画与“画”同）以及好的园宅，必定通过赌博夺取；尤其喜爱珠玉，不曾离手。（胡三省注：史书记载桓玄志向气度平凡浅陋）
17乙卯（二十五日），北魏主拓跋珪立儿子拓跋嗣为齐王，加位相国；拓跋绍为清河王，加征南大将军；拓跋熙为阳平王；拓跋曜为河南王。
18丁巳（二十七日），北魏将军伊谓率领二万骑兵袭击高车残余部落袁纥、乌频；十一月，庚午（十一日），大败他们。
19下诏让楚王桓玄行使天子礼仪音乐，妃子为王后，世子为太子。丁丑（十八日），卞范之写禅让诏书，让临川王司马宝逼迫皇帝书写。司马宝是司马曦的曾孙（胡三省注：武陵王司马曦在桓温废立之际死去）。庚辰（二十一日），皇帝到殿前，派兼太保、领司徒王谧捧着玉玺绶带，禅位给楚；壬午（二十三日），皇帝出宫居住在永安宫；癸未（二十四日），把太庙神主迁到琅邪国（胡三省注：永嘉之乱，琅邪国人跟随晋元帝过江的有一千多户，太兴三年，设立怀德县。丹杨虽然有琅邪相却没有辖地。晋成帝咸康元年，桓温领琅邪太守，镇守江乘的蒲洲金城，请求分割江乘县境设立郡，才有实际辖地），穆章何皇后和琅邪王司马德文都迁居司徒府。百官到姑孰劝进。十二月，庚寅朔（初一），桓玄在九井山北修筑祭坛（胡三省注：《九域志》记载，太平州有九井山。现在的太平州，是古代姑孰之地。芜湖县南有溪，还叫姑孰溪。《北征记》说：九井山在丹杨南）。壬辰（初三），即皇帝位。册文多贬低晋室，有人劝谏他，桓玄说：“禅让的文书，只可向百姓陈述，怎能欺骗上帝呢！”大赦，改元永始；以南康的平固县（胡三省注：晋武帝太康三年，以庐陵南部都尉设立南康郡。平固是吴国设置的平阳县，太康元年，改名平固。《九域志》记载，虔州赣县有平固镇）封皇帝为平固王，降何后为零陵县君，琅邪王德文为石阳县公，武陵王司马遵为彭泽县侯；追尊父亲桓温为宣武皇帝，庙号太祖，南康公主为宣皇后，封儿子桓昇为豫章王；任命会稽内史王愉为尚书仆射，王愉的儿子相国左长史王绥为中书令。王绥是桓氏的外甥。戊戌（初九），桓玄进入建康宫，登上御座时床忽然塌陷，群臣大惊失色。殷仲文说：“大概是圣德深厚，大地不能承载。”桓玄非常高兴。梁王司马珍之的国臣孔朴侍奉司马珍之逃奔寿阳。司马珍之是司马曦的曾孙（胡三省注：司马曦的儿子司马?出继梁国，是司马珍之的祖父）。
20戊申（十九日），后燕王慕容熙尊奉后燕主慕容垂的贵嫔段氏为皇太后。段氏是慕容熙的养母。己酉（二十日），立苻贵嫔为皇后（胡三省注：嫔，pin），大赦。
21辛亥（二十二日），桓玄把皇帝迁到寻阳（胡三省注：寻阳郡当时治所在柴桑）。
22后燕任命卫尉悦真为青州刺史，镇守新城；光禄大夫卫驹为并州刺史，镇守凡城（今河北平泉南）。
23癸丑（二十四日），把桓温的神主送入太庙。桓玄到听讼观（胡三省注：洛阳的华林园北有听讼观，原本是平望观。魏明帝因为刑狱是天下的大事，每次断大案，常到观中听审，太和三年，改名听讼观。建康仿照洛阳的制度，也设置了）查阅囚徒，罪行无论轻重，多被赦免；有冒犯车驾乞讨的，有时会体恤他们。他就是这样喜欢施行小恩小惠。
24这一年，北魏主拓跋珪开始命令有关部门制作冠服，按官品等级区分；但制度刚刚创立，多不遵循古制。
三年（甲辰，公元404年）
1春季，正月，桓玄立他的妻子刘氏为皇后。刘氏是刘乔的曾孙女。桓玄因为他的祖父桓彝以上名位不显赫，不再追尊建立宗庙。散骑常侍徐广说：“‘尊敬他的父亲就会使儿子高兴’（胡三省注：《孝经》记载孔子的话），请依照旧例建立七庙。”桓玄说：“《礼记》规定，太祖向东，左昭右穆（胡三省注：《礼记》记载，天子七庙，太祖在正东边的位置，左边三个昭位，右边三个穆位。《决疑要录》说：父亲面朝南，所以叫昭；昭是明的意思。儿子面朝北，所以叫穆；穆是顺的意思。昭本读如字，为避汉昭帝的名讳，改读韶音。有人说，晋文帝名昭，改读韶音）。晋朝建立七庙，宣帝不能处在正东的位置，有什么值得效法的！”秘书监卞承之对徐广说：“如果宗庙的祭祀果然没到祖先，由此可知楚的德行不会长久。”徐广是徐邈的弟弟（胡三省注：徐邈以文学被晋孝武帝亲近信任）。
桓玄自从即位，心里常常不安。二月，己丑朔（初一），夜里，涛水进入石头城，淹死很多人，喧哗声震天。桓玄听说后畏惧，说：“奴才们要作乱了！”
桓玄性格苛刻琐碎，喜欢自夸。主管官员奏事，有时一个字不规范（指字的上下偏旁不合规范），有时一句话有错误，必定加以纠正指责，以显示自己聪明。尚书回答诏书误把“春蒐”写成“春菟”，从左丞王纳之以下，凡是相关官员，都被降职罢免。有时亲手批注值勤官员，有时自己任用令史（胡三省注：令史是尚书令仆所任用的），诏令繁多，有关部门来不及处理；而法纪混乱，奏章积压，却不能了解。又生性喜好游猎，有时一天出去几次。迁居东宫，又修缮宫室，土木工程同时兴起，督责紧迫，朝廷内外骚动不安，想作乱的人很多。
桓玄派使者加授益州刺史毛璩（璩，qu）为散骑常侍、左将军。毛璩扣留桓玄的使者，不接受他的任命。毛璩是毛宝的孙子。桓玄任命桓希为梁州刺史，分别命令各将领戍守三巴（胡三省注：三巴指巴郡、巴东、巴西。杜佑说：渝州古为巴国，称为三巴，因阆水、白水向东南流，曲折三次，像“巴”字）来防备他。毛璩向远近传布檄文，列举桓玄的罪状，派巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之（甄，zhēn）打败桓希等人，于是率领部众进军驻守白帝城。（胡三省注：史书记载刘裕还没起兵，毛璩已经仗义举兵讨伐桓玄）
刘裕跟随徐、兖二州刺史、安成王桓修入朝。桓玄对王谧说：“刘裕风度气质不凡，是人才中的杰出者。”每次游乐聚会，必定热情接待，赠送赏赐非常丰厚。桓玄的皇后刘氏，有智慧识见，对桓玄说：“刘裕有龙虎般的仪态步伐，目光不凡，恐怕最终不会屈居人下，不如早点除掉他。”桓玄说：“我正要平定中原，除了刘裕没有可以任用的人；等平定关、河，然后再另作商议。”
桓玄任命桓弘为青州刺史，镇守广陵；刁逵为豫州刺史，镇守历阳。桓弘是桓修的弟弟；刁逵是刁彝的儿子（胡三省注：刁彝见一百三卷晋简文帝咸安二年）。
刘裕与何无忌同船回到京口，秘密谋划复兴晋室。刘迈的弟弟刘毅住在京口，也和何无忌谋划讨伐桓玄。何无忌说：“桓氏强大，能图谋吗？”刘毅说：“天下自有强弱之分；如果行事失道，即使强大也会变弱，只担心找不到主持大事的人罢了（指举大事难以找到一个领头的人）。”何无忌说：“天下民间不是没有英雄。”刘毅说：“我所看到的只有刘下邳（胡三省注：刘裕先前兼任下邳太守，所以这样称呼他）。”何无忌笑而不答，回去后告诉刘裕，于是和刘毅定下计谋。
当初，太原人王元德和弟弟王仲德为苻氏起兵攻打后燕主慕容垂，没成功，前来投奔（胡三省注：王叡，字元德；王懿，字仲德；名字触犯晋宣、元二帝的名讳，所以用字行世。王仲德被后燕打败，渡过黄河依附段辽，从段辽那里前来投奔）。朝廷任命王元德为弘农太守。王仲德见桓玄称帝，对人说：“自古以来改朝换代确实不止一族，但现在起来的人恐怕不足以成就大事。”
平昌人孟昶（昶，chǎng）为青州主簿，桓弘派孟昶到建康，桓玄见到他很喜欢，对刘迈说：“在寒门士人中得到一个尚书郎，你和他是同州里的人，难道认识吗？”（胡三省注：孟昶是平昌人，平昌郡属青州。刘迈是彭城沛人，彭城属徐州。大概二人都侨居京口，所以说同州里）刘迈一向和孟昶不和，回答说：“我在京口，没听说孟昶有特殊才能，只听说他们父子互相赠诗而已。”桓玄笑了笑就作罢。孟昶听说后怨恨他。回到京口后，刘裕对孟昶说：“民间应当有英雄起来，你听说过吗？”孟昶说：“现在的英雄有谁，正是你啊！”
于是刘裕、刘毅、何无忌、王元德、孟昶以及刘裕的弟弟刘道规、任城人魏咏之（胡三省注：任城县，前汉属东平国，后汉章帝元和元年分东平为任城国，而任城县属它；晋室南渡，撤销任城郡为任城县，属高平郡）、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、河内太守陇西人辛扈兴、振威将军东莞人童厚之（东莞，guān），互相一起谋划起兵。刘道规为桓弘的中兵参军，刘裕派刘毅到江北和刘道规及孟昶会合，一起杀桓弘，占据广陵；诸葛长民为刁逵的参军，让诸葛长民杀刁逵，占据历阳；王元德、辛扈兴、童厚之在建康，让他们聚集部众攻打桓玄作为内应，约定日期同时发兵。
孟昶的妻子周氏富有财产，孟昶对她说：“刘迈在桓公面前诋毁我，让我一生不得志，我决心要作乱。你最好早点和我断绝关系，倘若我得到富贵，再接你回来不晚。”周氏说：“你父母还在，想建立非凡的功业，难道是妇人能劝谏的！事情如果不成，我就在奚官中奉养婆婆（胡三省注：《周礼注》说：古代因连坐，男女没入官府为奴，那些缺少才智的作为奚。现在的侍史、官婢，有的叫奚官女。这里说事情如果失败，没入为官婢，会在奚官中奉养婆婆。《晋志》记载，奚官令属少府。晋、宋年间儿媳称婆婆为“大家”，参考《南史·孝义·孙棘传》可知），绝没有离去的想法。”孟昶失望，过了很久才起身。周氏追上孟昶让他坐下，说：“看你的举动，不是会和妇人商量的人，不过是想要财物罢了。”于是指着怀里的孩子给他看：“这个孩子如果可以卖，我也不会吝惜。”于是拿出全部资产给孟昶。孟昶的弟弟孟顗（顗，yi）的妻子，是周氏的堂妹，周氏欺骗她说：“昨夜做了个很不吉利的梦，家里红色的东西应该都拿出来用来镇邪。”堂妹相信了她就给了她，周氏于是把这些东西都缝制成军士的战袍。
何无忌夜里在屏风里起草檄文，他的母亲是刘牢之的姐姐，登上小凳偷偷看他，哭着说：“我比不上东海的吕母（胡三省注：吕母的事情见三十八卷王莽天凤四年）。你能这样，我还有什么遗憾！”问和他一起谋划的人，说：“是刘裕。”母亲更加高兴，于是给他讲桓玄必定失败、举事必定成功的道理来鼓励他。
乙卯（二十七），刘裕借口打猎，和何无忌集合部众，得到一百多人。丙辰（二十八日），清晨，京口城门打开，何无忌穿着传诏的服装，声称是皇帝的使者，部众跟随他一起进城，立即斩杀桓修示众。桓修的司马刁弘率领文武官吏前来，刘裕登上城墙（胡三省注：城指京口的金城），对他们说：“郭江州（郭昶之）已经侍奉皇帝在寻阳复位（胡三省注：当时皇帝在寻阳，刘裕谎称来欺骗刁弘等人），我们都奉密诏，诛杀叛逆党羽，现在逆贼桓玄的首级已经应当挂在大航了（胡三省注：枭，指悬挂首级。《说文解字》说：日至，捕捉枭鸟肢解，把它的头挂在木上；现在指挂首级为枭）。各位不是大晋的臣子吗，现在来想做什么！”刁弘等人相信了，收兵撤退。刘裕问何无忌说：“现在急需一个府主簿，从哪里能得到？”何无忌说：“没有比刘道民更合适的。”刘道民是东莞人刘穆之（胡三省注：晋陵有南东莞郡，所以刘穆之住在京口）。刘裕说：“我也认识他。”立即派人骑马去召他。当时刘穆之听说京口有喧哗声，早晨起来，到路口，正好和使者相遇。刘穆之盯着看了很久不说话（胡三省注：直视指注目直视不看别处），然后返回屋里，撕破布裳做裤子（胡三省注：袴指裤子。《晋志》说：袴褶的制度，不清楚起源，近代作为军服；坏指撕破），去见刘裕。刘裕说：“开始举大义，正处于艰难之中（说开创事情之初，每件事都艰难），急需一个军吏，你认为谁能胜任？”刘穆之说：“贵府刚建立，军吏确实需要有才能的人，仓促之间，大概没有能超过我的。”刘裕笑着说：“你能屈就，我的事情就能成功了。”立即在座位上任命他为主簿。
孟昶劝桓弘当天出去打猎，天没亮，打开城门放出猎人；孟昶与刘毅、刘道规率领几十名壮士直接进入，桓弘正在喝粥，立即斩杀了他，于是收集部众渡过长江。刘裕派刘毅诛杀刁弘。
在此之前，刘裕派同谋周安穆进入建康报告刘迈，刘迈虽然答应了，心里却很害怕；周安穆担心事情泄露，于是骑马返回。桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈想赶快到郡上任，当天夜里，桓玄给刘迈写信说：“北府的人心怎么样？你最近见刘裕说了什么？”刘迈以为桓玄已经知道他的计谋，早晨起来，告诉了桓玄。桓玄大惊，封刘迈为重安侯。不久又嫌弃刘迈不抓周安穆，让他得以逃走，于是杀了他，把王元德、辛扈兴、童厚之等人都杀了。
众人推举刘裕为盟主，总领徐州事务，任命孟昶为长史，镇守京口，檀凭之为司马。彭城人中应募的，刘裕都让郡主簿刘钟统领。丁巳（二十九日），刘裕率领徐、兖二州的部众一千七百人（胡三省注：二州指兖、徐），驻军竹里，向远近传布檄文，声言益州刺史毛璩已经平定荆楚，江州刺史郭昶之侍奉迎接皇帝在寻阳复位，镇北参军王元德等人都率领部曲据守石头，扬武将军诸葛长民已经占据历阳。
桓玄转移到上宫（胡三省注：桓玄开始迁到东宫，现在因刘裕起兵，转移到上宫），召侍官都进入官署住宿（胡三省注：侍官指从侍中以下到黄门侍郎、散骑常侍之类）；加授扬州刺史新野王桓谦为征讨都督，以殷仲文代替桓修为徐、兖二州刺史。桓谦等人请求赶快派兵攻打刘裕。桓玄说：“他们的士兵精锐，抱着必死的决心，如果有失误（胡三省注：蹉跌指失误），就会使他们士气高涨而我的事情失败，不如把大军屯驻在覆舟山等待他们（胡三省注：晋成帝咸康八年，在覆舟山南设立北郊；覆舟山大概在建康城北，形状像翻扣的船，所以得名）。他们空行二百里，没有收获，锐气已经受挫，忽然见到大军，必定惊慌；我按兵不动列阵坚守，不和他们交战，他们求战不得，自然会溃散离去，这是上等计策。”桓谦等人坚持请求攻打，于是派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷相继北上（胡三省注：从建康到京口为北上）。
桓玄特别担忧恐惧。有人说：“刘裕等人是乌合之众势力薄弱，势必不能成功，陛下何必深深忧虑？”桓玄说：“刘裕足以成为一代枭雄；刘毅家中没有一担一石的储备（胡三省注：檐与儋同，指一儋一石的粮食储备。家里没有儋石的储备，是极其贫穷。扬雄家没有儋石的储备，应劭《注》说：齐人称小瓮为儋石，能容纳二斛。晋灼说：石指斗石。《前汉书音义》说：儋指一斗的储备。《方言》说：儋指瓮，齐东、北海、岱之间叫儋。我认为现在江淮人称一石为一担），赌博时却敢一掷百万；何无忌非常像他的舅舅（刘牢之）；他们共同举大事，怎么能说不能成功！”
2南凉王秃发傉檀（傉，nu）畏惧后秦的强大，于是去掉年号（胡三省注：元兴元年，秃发傉檀改元弘昌；去指去掉），撤销尚书丞郎官，派参军关尚出使后秦。后秦王姚兴说：“车骑将军（姚兴授予秃发傉檀车骑将军，所以这样称呼）献上诚意称藩，却擅自兴兵建造大城，难道是做臣子的道理吗？”关尚说：“王公设置险阻来守卫他的国家（胡三省注：《周易·坎卦·彖辞》的话），是先王的制度。车骑将军地处偏远的藩国，靠近强敌，大概是为国家建立多重门户的防备；没想到陛下忽然因此产生嫌疑。”姚兴认为他说得对。秃发傉檀请求兼任凉州，姚兴不允许。
3当初，袁真杀朱宪（胡三省注：见一百二卷晋海西公太和五年），朱宪的弟弟朱绰逃奔桓温。桓温攻克寿阳，朱绰就打开袁真的棺材，戮他的尸体。桓温发怒，将要杀他，桓冲请求才得以免死。朱绰侍奉桓冲如同父亲，桓冲去世，朱绰吐血而死。刘裕攻克京口，任命朱绰的儿子朱龄石为建武参军。刘裕本为建武将军，让朱龄石参与军事。三月，戊午朔（初一），刘裕的军队与吴甫之在江乘相遇（胡三省注：江乘是汉旧县，属丹杨郡。晋成帝咸康元年，桓温领琅邪太守，镇守江乘的蒲州，上奏分割丹杨的江乘设立南琅邪郡，江乘县属它）。将要交战，朱龄石对刘裕说：“我家世代受桓氏厚恩，不想用兵器相对，请求在军后。”刘裕认为他有义气就答应了。吴甫之是桓玄的猛将，他的士兵非常精锐。刘裕手持长刀，大喊着冲向他们，部众都溃散，立即斩杀吴甫之，进军到罗落桥（胡三省注：罗落桥在江乘县南，大概沿水设罗网，因此得名）。皇甫敷率领几千人迎战，宁远将军檀凭之战败而死。刘裕作战更加勇猛，皇甫敷包围他几层，刘裕倚着大树奋力作战。皇甫敷说：“你想怎么死！”拔戟要刺他，刘裕瞪着眼睛呵斥他，皇甫敷后退。刘裕的部下不久赶到，射箭击中皇甫敷的额头使他倒下，刘裕拔刀直进。皇甫敷说：“你有天命，把我的子孙托付给你。”刘裕斩杀了他，优厚地安抚他的遗孤。刘裕把檀凭之所率领的士兵配给参军檀祗。檀祗是檀凭之的侄子。桓玄听说两员将领死了，非常恐惧，召来各种方术人士推算和进行镇邪。问群臣说：“朕会失败吗？”吏部郎曹靖之回答说：“百姓怨恨神灵愤怒，我实在畏惧。”桓玄说：“百姓或许可以怨恨，神灵为什么会愤怒？”回答说：“晋氏的宗庙，漂泊在江边（指把晋朝宗庙神主迁到琅邪国，不久又随皇帝到寻阳），大楚的祭祀，向上没到祖先（指只在太庙祭祀桓温），这就是神灵愤怒的原因。”桓玄说：“你为什么不劝谏？”回答说：“朝廷上的君子都认为是尧、舜时代，我怎么敢说！”桓玄沉默不语。派桓谦和游击将军何澹之（胡三省注：游击将军是汉的杂号将军，魏设置为中军，到晋，以领军、护军、左·右卫、骁骑、游击为六军）屯驻东陵（胡三省注：建康的西边有西陵，东边有东陵，东陵在覆舟山东北），侍中、后将军卞范之屯驻覆舟山以西，部众合计二万。
己未（初二），刘裕的军队吃完饭，把剩余的粮食全部丢弃，进军到覆舟山以东，派瘦弱的士兵登山，张开旗帜作为疑兵，分几路同时前进，布满山谷。桓玄的侦察兵回来，说“刘裕的军队布满四周，不知道有多少。”桓玄更加担忧恐惧，派武卫将军庾赜之（胡三省注：魏文帝即位，设置领军将军，主管五校、中垒、武衞等三营，后来就各自设置将军）率领精锐士兵辅助援助各军。桓谦等人的士兵多是北府人，一向畏惧佩服刘裕，没有斗志。刘裕与刘毅等人分为几队，进军冲击桓谦的军阵；刘裕身先士卒，将士都拼死作战，无不以一当百，呼喊声震动天地。当时东北风很急，于是放火焚烧，烟火冲天，鼓噪的声音震动京城，桓谦等各军大败。
桓玄当时虽然派兵抵抗刘裕，却已决心逃跑，暗中派领军将军殷仲文在石头城准备船只；听说桓谦等人失败，率领亲信几千人，声称去作战，于是带着他的儿子桓昇、哥哥的儿子桓濬出南掖门。遇到前相国参军胡藩，胡藩拉住马缰绳劝谏说：“现在羽林射手还有八百人，都是感恩戴德的故旧，西边人受几代的恩惠（胡三省注：鞚指马勒。桓氏世代居住荆楚，西边人都是他们的故旧，这大概是跟随桓玄东下的，桓玄篡位后，因此作为羽林），不驱使他们打一仗，一旦舍弃这里，想去哪里安身！”桓玄不回答，只是举起马鞭指天（胡三省注：桓玄举鞭指天，也是项羽所说的“这是上天要灭亡我”的意思），于是鞭马逃跑，向西奔向石头城，与殷仲文等人乘船向南逃走。一整天没吃东西，左右进献粗饭（胡三省注：粗与麄同），桓玄咽不下去，桓昇抱着他的胸口抚摸，桓玄悲痛得不能自已。
刘裕进入建康，王仲德抱着王元德的儿子王方回出来迎接刘裕，刘裕在马上抱着王方回与王仲德相对而哭；追赠王元德为给事中，任命王仲德为中兵参军。刘裕停留在桓谦的旧营，派刘钟占据东府。庚申（初三），刘裕屯驻石头城，设立留台百官，在宣阳门外焚烧桓温的神主，制作晋朝新的神主，放入太庙。（胡三省注：桓玄刚篡位，把七庙神主迁到琅邪国，不久迁皇帝到寻阳，宗庙神主都随皇帝西去，所以暂时制作新神主）派各将领追击桓玄，尚书王嘏率领百官奉迎皇帝的车驾，诛杀在建康的桓玄宗族。刘裕派臧熹进入宫中，收集图书、器物，封闭府库；有金饰的乐器，刘裕问臧熹：“你难道不想要这个吗？”臧熹严肃地说：“皇上被逼迫，流亡在外，将军首先起义，为王室辛劳，我虽然没出息，实在对乐器没有兴趣。”刘裕笑着说：“姑且用这个和你开玩笑罢了。”臧熹是臧焘的弟弟（胡三省注：刘裕娶臧氏的女子为妻）。
壬戌（初五），玄司徒王谧与众人商议推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕坚决推辞。于是任命王谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，王谧推举刘裕为使持节、都督扬·徐·兖·豫·青·冀·幽·并八州诸军事、徐州刺史（胡三省注：使指使者），刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹杨尹，刘道规为义昌太守（胡三省注：《宋永初郡国志》记载，安丰有义昌县。大概晋末曾设立郡，宋初撤销为县。刘裕取义昌的美名，让刘道规兼任太守）。
刘裕刚到建康，各种大事的处理都委托给刘穆之，仓促之间做出的决定，没有不合适的（胡三省注：处、分指处理；惬指合适）。刘裕于是把他当作心腹，行动举止都咨询他；刘穆之也尽心竭力，没有隐瞒。当时晋朝政令宽松，法纪不立，豪族放纵，小民困窘，加上司马元显政令错误（胡三省注：重指加上；舛指错误），桓玄虽然想整顿，却条款繁多，众人不愿服从。刘穆之斟酌时宜，根据情况纠正（胡三省注：揉曲为矫。指根据事情纠正使它回到正途）；刘裕以身作则，先用威严禁令；朝廷内外百官都严肃供职，不到十天，风气习俗立刻改变（胡三省注：史书记载刘裕有拨乱反正的才能）。
当初，诸葛长民到豫州，超过约定时间，没能发兵。刁逵抓住诸葛长民，用囚车送往桓玄。到当利（胡三省注：当利是浦名）时桓玄失败，押送的人一起打破囚车放出诸葛长民，返回奔赴历阳（胡三省注：趣指奔赴）。刁逵弃城逃跑，被他的部下抓住，在石头城斩杀，子侄无论老少都被杀死，只赦免他的小弟弟给事中刁骋。刁逵的旧部下藏起他的侄子刁雍送到洛阳（胡三省注：刁雍后来从后秦进入北魏），后秦王姚兴任命为太子中庶子。刘裕任命魏咏之为豫州刺史，镇守历阳，诸葛长民为宣城内史。
当初，刘裕名声低微地位浅薄，轻佻狡猾没有品行（胡三省注：行指品行），名流都不和他交往（胡三省注：指当时的权贵名流），只有王谧独自看重他，对刘裕说：“你会成为一代英雄。”刘裕曾和刁逵赌博，不及时缴纳赌债（胡三省注：赌博输了却不立即缴纳所欠的钱，这也是赌徒轻佻狡猾的常态），刁逵把他绑在马桩上（胡三省注：枊指系马柱）。王谧见到，责备刁逵并释放了他，代替他偿还赌债。因此刘裕深深怨恨刁逵而感激王谧。
萧方等说（胡三省注：萧方等是梁元帝的嫡长子，撰写《三十国春秋》）：蛟龙潜伏时，鱼虾都敢轻视它。所以汉高祖赦免雍齿，魏武帝赦免梁鹄（胡三省注：雍齿的事情见十一卷汉高帝十一年。汉灵帝时，梁鹄为选部尚书，魏武帝想做洛阳令，梁鹄任命他为北部尉。董卓之乱，梁鹄投奔刘表。魏武帝攻破荆州，梁鹄畏惧而自己绑着到门前，被派到秘书省，以努力书写效力），怎么能因为平民时的嫌隙而造成帝王的隔阂呢！现在王谧为公，刁逵灭族，报恩报怨，多么狭隘啊！
4尚书左仆射王愉和儿子荆州刺史王绥谋划袭击刘裕，事情泄露，被灭族；王绥的侄子王慧龙被僧人彬藏匿，得以幸免（胡三省注：王慧龙后来逃奔后秦，又从后秦奔北魏）。
5北魏因为中原萧条，下诏撤销户数不满一百的县。
6丁卯（初十），刘裕返回镇守东府。
7桓玄到寻阳，郭昶之供给他器物用具、兵力。辛未（十四日），桓玄逼迫皇帝向西行进（胡三省注：上指前往），刘毅率领何无忌、刘道规等各军追击（胡三省注：帅指率领）。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之镇守湓口。桓玄在路上自己撰写《起居注》（胡三省注：杜佑《通典》说：周官有左右史，大概是现在《起居注》的起源。行动则左史书写，言语则右史书写；左史记录言语，右史记录事件。汉武帝时有《禁中起居注》，后汉马皇后撰写《明帝起居注》，则汉代《起居注》似乎在宫中，由女史担任，之后起居注都由近侍之臣记录。历代有这个职责却没有这个官职，后魏开始设置起居令史，每次出行宴会，就在皇帝左右记录皇帝的话；后来又另外设置修起居注），叙述讨伐刘裕的事情，自称谋划没有遗漏，各军违反调度，导致失败。专心深入思考着述（胡三省注：覃指深入广泛；思指思考），没时间和部下商议时事。《起居注》写成后，向远近传布。
8丙戌（二十九日），刘裕声称接受皇帝密诏，让武陵王司马遵按皇帝旨意总领百官行事，加授侍中、大将军，于是大赦，只有桓玄一族不赦免。
9刘敬宣、高雅之联合青州大族和鲜卑豪强首领谋划杀死南燕王慕容备德（胡三省注：帅指首领），推举司马休之为主。慕容备德任命刘轨为司空，非常宠信他。高雅之想邀请刘轨一起谋划，刘敬宣说：“刘公年老，有安定齐地的志向，不能告诉他。”高雅之最终还是告诉了他，刘轨不同意。计谋多有泄露，刘敬宣等人向南逃走，南燕人抓住刘轨，杀了他，追上高雅之，又杀了他。刘敬宣、司马休之到淮、泗之间，听说桓玄失败，于是前来归顺（胡三省注：刘敬宣等人投奔南燕的事情见上卷元兴元年）。刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。
10南燕王慕容备德听说桓玄失败，命令北地王慕容钟等率兵想夺取江南，恰逢慕容备德生病而停止（胡三省注：从前鲁庄公讨伐齐国，送子纠回国，小白从莒国先进入，所以有乾时的失败。当时，建康已经平定，假使慕容钟等人的军队真的进军，刘裕本来就有办法对付他们；将指将领）。
11夏季，四月，己丑（初三），武陵王司马遵进入东宫居住，朝廷内外都恭敬他；任免百官称制书，教令称令书。任命司马休之为监荆·益·梁·宁·秦·雍六州诸军事、领荆州刺史（胡三省注：刘毅等的军队已经进军，所以预先让司马休之镇守南部藩镇）。
庚寅（初四），桓玄挟持皇帝到江陵，桓石康接纳他。桓玄重新设置百官，任命卞范之为尚书仆射。自认为败逃之后，恐怕威严命令不能施行，于是加重刑罚，众人更加离散怨恨。殷仲文劝谏，桓玄发怒说：“现在因为各将领违反军纪，天象不利，所以返回旧楚都城；而小人纷纷，妄发议论，正应当用严厉的手段纠正，不能施行宽和的政策。”荆、江各郡听说桓玄流亡，有上表问候起居的，桓玄都不接受，反而命令所在之地祝贺迁都新都城（胡三省注：唐人所说的“难将一人手，掩尽天下目”，桓玄就是这样）。
当初，王谧是桓玄辅佐创业的首要大臣，桓玄接受禅让时（胡三省注：禅指禅让），王谧亲手解开皇帝的玉玺绶带；等到桓玄失败，众人认为王谧应当被诛杀，刘裕特意保全他。刘毅曾趁朝会（胡三省注：朝指朝廷），问王谧玉玺绶带在哪里。王谧内心不安，逃奔曲阿（胡三省注：刘昫说：唐润州丹杨县是古代曲阿县地）。刘裕写信给武陵王，迎接他回来恢复职位。
12桓玄哥哥的儿子桓歆带领氐人首领杨秋侵犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起打败他们，在练固（胡三省注：练固在历阳西北）斩杀杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人到何澹之等人那里共同镇守湓口。何无忌、刘道规到桑落洲（胡三省注：桑落洲在湓城东北的大江中。杜佑说：桑落洲在江州都昌县，是汉代的彭泽县）。庚戌（二十四日），何澹之等人带领水军迎战。何澹之平时所乘的船，仪仗旗帜很盛大。何无忌说：“贼帅必定不在这船上，是想欺骗我们罢了，应当赶快攻打。”众人说：“何澹之不在里面，得到它没有益处。”何无忌说：“现在寡不敌众，作战没有全胜的把握，何澹之既然不在这船上，战士必定薄弱，我用精兵攻打，必定能夺取，夺取后，就会使他们气势受挫而我们士气倍增，趁机逼近他们，打败贼军是一定的。”刘道规说：“好！”于是前去攻打并夺取了它，于是传呼说：“已经抓获何澹之了！”何澹之军中惊扰，何无忌的部众也认为是这样，乘胜进攻何澹之等人，大败他们。何无忌等人攻克湓口，进军占据寻阳，派使者奉送宗庙神主石匣回京城（胡三省注：祏指石匣，庙中收藏木主的石匣。攻克寻阳后，宗庙神主石匣才能返回）。加授刘裕都督江州诸军事。
桑落洲之战，胡藩所乘的船被官军烧毁，胡藩穿着全副铠甲入水，潜水三十多步，才得以登岸。当时到江陵的路已经断绝（胡三省注：官军攻克寻阳，所以到江陵的路断绝），于是回到豫章，刘裕一向听说胡藩为人忠直，引荐他参与领军军事。
13桓玄收集荆州的士兵，不到三十天，有部众二万，楼船、器械很充足。甲寅（二十八日），桓玄又率领各军挟持皇帝东下，以苻宏领梁州刺史，为前锋；又派散骑常侍徐放先行，劝刘裕等人说：“如果能撤军解甲，会和你们重新开始，各授官职，让你们不失本分。”
刘裕任命诸葛长民都督淮北诸军事，镇守山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
14柔然可汗社仑（仑，lun）的堂弟悦代大（，nuo）谋划杀死社仑，没成功，逃奔北魏（胡三省注：从指堂亲）。
15后燕王慕容熙在龙腾苑修建逍遥宫，房屋几百间相连，开凿曲光海，盛夏时节，士兵不能休息，中暑而死的超过一半（胡三省注：暍指中暑）。
16西凉世子李谭去世。
17刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌人孟怀玉率领部众从寻阳向西进军（胡三省注：帅指率领；上指前往），五月，癸酉（十七日），与桓玄在峥嵘洲（峥，zhēng；嵘，rong）相遇。（胡三省注：《水经注》记载：江水向东流过武口，又向东，右边有李姥蒲，北边对着峥嵘洲，是刘毅打败桓玄的地方。在现在的黄州、寿昌军之间。杜佑说：峥嵘洲在鄂州武昌县）刘毅等人的兵力不满一万，而桓玄的士兵有几万，众人畏惧，想退回寻阳。刘道规说：“不行！敌众我寡，强弱形势不同，现在如果畏惧退缩，必定会被他们利用，即使到寻阳，难道能自保！桓玄虽然窃取了雄豪的名声，内心实际胆怯；加上已经败逃过，部众没有坚定的意志。在两军阵前决战，将领勇猛的一方取胜，不在于人多。”于是指挥部众先前进，刘毅等人跟随他。桓玄常常在船边系着小船以准备败逃，因此部众没有斗志。刘毅等人乘风放火，精锐士兵争相前进，桓玄的部众大败，烧毁辎重连夜逃跑。郭铨到刘毅那里投降。
桓玄的旧将刘统、冯稚等人聚集党羽四百人袭击并攻破寻阳城。刘毅派建威将军刘怀肃讨伐平定了他们。刘怀肃是刘怀敬的弟弟（胡三省注：刘怀敬见一百一十一卷隆安三年）。
桓玄挟持皇帝乘一艘船向西逃跑，留下永安何皇后及王皇后在巴陵。殷仲文当时在桓玄的舰船上，请求出去乘另一艘船收集逃散的士兵，于是背叛桓玄，侍奉二后逃奔夏口，于是返回建康。
己卯（二十三日），桓玄与皇帝进入江陵。冯该劝他再向下游作战，桓玄不听；想逃奔汉中投靠桓希（胡三省注：桓希当时为梁州刺史），但人心涣散，命令不能执行。庚辰（二十四日），夜里，安排出发，城内已经混乱，于是与亲近心腹一百多人骑马出城西逃。到城门时，左右在暗中砍桓玄，没砍中，他的部下互相残杀（胡三省注：更指互相），前后交错。桓玄勉强到达船上，左右分散，只有卞范之在身边。
辛巳（二十五日），荆州别驾王康产侍奉皇帝进入南郡府舍，太守王腾之率领文武官员担任侍卫。
桓玄将要到汉中；屯骑校尉毛修之是毛璩弟弟的儿子，引诱桓玄进入蜀地，桓玄听从了他。宁州刺史毛璠（璠，fán）是毛璩的弟弟，在任上去世。毛璩派他哥哥的孙子毛佑之及参军费恬（费，fèi）率领几百人送毛璠的灵柩回江陵（胡三省注：丧指灵柩），壬午（二十六日），在枚回洲（胡三省注：《水经注》记载：江水流经江陵县南，有洲叫枚回洲）遇到桓玄。毛佑之、费恬迎击桓玄，箭下如雨，桓玄的宠臣丁仙期、万盖等人用身体遮挡桓玄，都死了。益州督护汉嘉人冯迁抽刀，上前想杀桓玄，桓玄拔下头上的玉导给他（胡三省注：魏、晋以来，冠帻有簪，有导，皇帝用玉制作。导是用来引导头发进入冠帻内的），说：“你是什么人，敢杀天子！”冯迁说：“我杀的是天子的贼！”于是斩杀了他，又斩杀桓石康、桓濬、庾赜之（赜，zé），抓住桓昇送往江陵，在街市斩杀。皇帝的车驾在江陵复位，任命毛修之为骁骑将军（胡三省注：骁指勇猛；骑指骑兵）。甲申（二十八日），大赦，凡是因畏惧逼迫而跟随叛逆的一概不追究。戊寅（二十二日），将神主送入太庙（胡三省注：接纳从寻阳奉送回的宗庙神主石匣）。刘毅等人传送桓玄的首级，挂在大桁示众。
刘毅等人取胜后，认为大事已定，不急于追击，又遇到大风，船不能前进，桓玄死后将近十天（胡三省注：几指将近），各军还没到达。当时桓谦藏在沮中（胡三省注：沿沮水上下为沮中，临沮、上黄二县都是其地；沮，ju），扬武将军桓振藏在华容浦（胡三省注：华容县自汉以来属南郡。《水经注》记载：江水左边弯曲处为中夏口，右边则有中郞浦流出。华容县现在在监利县境内。《晋书·振传》说：藏在华容的涌中。《左传》记载：阎敖在涌水游泳逃脱。杜预《注》说：涌水在南郡华容县；涌，yong）。桓玄的旧将王稚徽戍守巴陵，派人报告桓振说：“桓歆已经攻克京城，冯稚又攻克寻阳，刘毅等各军都在中途失败撤退。”桓振大喜，聚集党羽二百人，袭击江陵，桓谦也聚集部众响应他。闰月，己丑（初三），又攻陷江陵，杀王康产、王腾之。桓振在行宫见皇帝，跃马持戈，直到台阶下，问桓昇在哪里。听说他已死，瞪着眼睛对皇帝说：“我家有什么对不起国家的，而被如此屠灭！”琅邪王司马德文下床对他说：“这难道是我们兄弟的意思吗！”桓振想杀皇帝，桓谦苦苦劝阻，才下马，表情严肃地行礼后出去。壬辰（初六），桓振为桓玄举办丧事，设立灵堂，谥号为武悼皇帝。
癸巳（初七），桓谦等率领群臣向皇帝献上玉玺绶带说：“主上效法尧禅让舜，现在楚的国运不长，百姓之心又回归晋朝了。”任命琅邪王司马德文领徐州刺史，桓振为都督八郡诸军事、荆州刺史，桓谦又为侍中、卫将军，加授江、豫二州刺史，皇帝身边的侍从，都是桓振的心腹。
桓振年轻时品行不端（胡三省注：行指品行），桓玄不把他当作子侄看待（胡三省注：按年龄长幼排序为齿，又，齿指列入。说不把他列入子侄之列）。到这时，感叹说：“叔父从前不早用我，才导致这样的失败。如果叔父还在，我为前锋，天下不难平定。现在独自做这些，能回到哪里去？”于是放纵饮酒好色，肆意诛杀。桓谦劝桓振领兵东下作战，自己守江陵，桓振一向轻视桓谦，不听他的话。
刘毅到巴陵，诛杀王稚徽。何无忌、刘道规在马头（胡三省注：马头岸在大江南岸，北对江津口）攻打桓谦，在龙泉（胡三省注：《水经注》记载：灵溪的东边有龙陂，方圆二百多步，水很深，有龙出现在其中，所以叫龙陂）攻打桓蔚，都打败了他们。桓蔚是桓秘的儿子（胡三省注：桓秘见一百三卷晋孝武帝宁康元年）。
何无忌想乘胜直逼江陵，刘道规说：“兵法上说，屈伸有适时，不能冒进。桓氏世代居住西楚，小人都为他们尽力；桓振勇猛冠绝三军，难以和他争锋。暂且可以息兵养锐，慢慢用计谋牵制他，不愁不能攻克。”何无忌不听。桓振在灵溪（胡三省注：《水经注》记载：江水从江陵县南，向东流经燕尾洲，北边汇合灵溪水。江、溪的汇合处有灵溪戍，背靠山陵面向长江，西边有灵溪）迎战，冯该率兵与他会合，何无忌等人大败，死了一千多人。退回寻阳，与刘毅等人上书请罪。刘裕因刘毅指挥各军，免去他的青州刺史职务。桓振任命桓蔚为雍州刺史，镇守襄阳。
柳约之、罗述、甄季之听说桓玄死了，从白帝进军到枝江，听说何无忌等在灵溪失败，也领兵撤退。不久罗述、甄季之都生病，柳约之到桓振那里假装投降，想谋划袭击桓振，事情泄露，桓振杀了他。柳约之的司马时延祖、涪陵太守文处茂（处，chu）收集剩余部众，保卫涪陵。
六月，毛璩派将领攻打汉中，斩杀桓希，毛璩自己兼任梁州。
18秋季，七月，戊申（二十二日），永安皇后何氏去世。
19后燕苻昭仪生病，龙城人王荣自称能治好她。苻昭仪去世，后燕王慕容熙把王荣绑在公车门，肢解后焚烧。
20八月，癸酉（十八日），将穆章皇后安葬在永平陵。
21北魏设置六谒官，仿照古代的六卿。
22九月，刁骋谋反，被处死，刁氏于是灭亡（胡三省注：刁逵被诛杀时，只赦免刁骋，而刁雍得以逃走投奔北方；刁骋又被诛杀，那么江南的刁氏就灭亡了）。刁氏一向富有，奴仆门客放纵横行（胡三省注：横指横行），独占山泽，是京口的祸患。刘裕散发他家的资产积蓄，让百姓量力取用（胡三省注：称指估量），一整天都没取完；当时州郡饥饿贫困，百姓依靠这些得以救济。
23乞伏乾归与杨盛在竹岭（胡三省注：上邽西南有南山、竹岭）交战，被杨盛打败。
24西凉公李暠（暠，gǎo）立儿子李歆为世子。
25北魏主拓跋珪到昭阳殿改任百官，召来朝廷文武官员，亲自选拔，根据才能任命。爵位分为四等：王封大郡，公封小郡，侯封大县，伯封小县。那些官品第一到第四，旧臣有功没有爵位的追封，宗室疏远的及异姓袭封的降爵不等。又设置散官五等，官品第五到第九（胡三省注：散指散官）；文官中学生才能优秀、武官能为将帅的，官品也比照第五到第九；百官有空缺， 就从其中选取补充。他的官名不用汉、魏的旧称，仿照上古的龙官、鸟官（胡三省注：《左传》记载：郯子说：从前太皞氏以龙记事，所以设置龙师而以龙命名官职。我们高祖少皞挚即位时，凤鸟正好到来，所以设置鸟师而以鸟命名官职；凤鸟氏掌管历法，玄鸟氏掌管春分秋分，伯赵氏掌管夏至冬至，青鸟氏掌管立春立夏，丹鸟氏掌管立秋立冬；祝鸠氏是司徒，鴡鸠氏是司马，鳲鸠氏是司空，爽鸠氏是司寇，鹘鸠氏是司事；五鸠是聚集百姓的官员。五雉是五种工匠的长官，九扈是九种农官的长官。杜预《注》说：太皞氏有龙的祥瑞，所以以龙命名官职。应劭说：以龙来命名官长：春官为青龙，夏官为赤龙，秋官为白龙，冬官为黑龙，中官为黄龙。张晏说：庖牺将要兴起，神龙背负河图而来，因此用龙来命名官职和军队）。称各部门的使者为凫鸭（胡三省注：《魏书·官氏志》写作“诸曹走使”），取它们飞行迅速的意思；称侦察的候官为白鹭，取它们伸长脖子远望的意思；其余都类似这样。
26卢循侵犯南海，攻打番禺（今广东广州，）。广州刺史濮阳人吴隐之坚守一百多天，冬季，十月，壬戌（初九），卢循夜里袭击城池并攻陷，烧毁官府、百姓房屋殆尽，抓获吴隐之。卢循自称平南将军，代理广州事务，聚集烧焦的尸骨筑成大坟，安葬在洲上，得到骷髅三万多具（胡三省注：《说文解字》说：骷髅是头顶骨）。又派徐道覆攻打始兴（胡三省注：吴孙皓甘露元年，分桂阳南部都尉设立始兴郡，唐代为韶州），抓获始兴相阮腆之。
27刘裕兼任青州刺史（胡三省注：刘毅被免去青州刺史，刘裕自己兼任）。
刘敬宣在寻阳，聚集粮食修缮船只，从未没有防备，所以何无忌等人虽然败退，依靠他得以重新振作。桓玄哥哥的儿子桓亮自称江州刺史，侵犯豫章，刘敬宣打败了他。
刘毅、何无忌、刘道规又从寻阳西上，到达夏口。桓振派镇东将军冯该防守东岸，扬武将军孟山图占据鲁山城，辅国将军桓仙客防守偃月垒，部众合计一万人，水陆互相支援。刘毅攻打鲁山城，刘道规攻打偃月垒，何无忌扼守中游，从辰时到午时，二城都被攻克（胡三省注：汉水与长江在鲁山西南汇合，汉水左边有却月城，也叫偃月垒，是旧时的曲陵县，后来改为沙羡县治所），活捉孟山图、桓仙客，冯该逃到石城（胡三省注：走，指逃跑。竟陵县，是古代的石城戍。《郢州图经》说：子城三面城墙根基都是天然形成的，正西绝壁下临汉江。石城的名称大概来源于此）。
28辛巳（二十八日），北魏大赦，改元天赐。修筑西宫。十一月，北魏主拓跋珪前往西宫，命令宗室设置宗师，八国设置大师、小师，州郡也各自设置师，用来辨别宗族乡党，推荐有才能品行的人，如同魏、晋时期中正的职责（胡三省注：《魏书·官氏志》说：因为八国姓族难以分辨，所以各国设立大师、小师，让他们辨别宗族乡党，品评推荐人才。除了八国之外，各郡各立师，职责与八国相同，相当于现在的中正。宗室设立宗师，也如同州郡八国的职责）。
29后燕王慕容熙与苻后游猎，向北登上白鹿山，向东越过青岭（胡三省注：《水经注》记载：大辽水向东南流过辽东郡房县西，又向右汇合白狼水，白狼水发源于右北平白狼县东南，向北弯曲，流经白鹿山西，就是白狼山。青岭就是青陉，在龙城东南四百多里。魏收《地形志》记载，建德郡石城县有白鹿山祠），向南面临沧海后返回（胡三省注：沧海在辽西郡海阳县南），士兵被虎狼杀死及冻死的有五千多人。
30十二月，刘毅等人进军攻克巴陵。刘毅号令严明，所经过的地方百姓安定喜悦。刘裕又任命刘毅为兖州刺史。
桓振任命桓放之为益州刺史，屯驻西陵；文处茂打败他，桓放之逃回江陵。
31高句丽侵犯后燕。
32戊辰（十六日），北魏主拓跋珪前往豺山宫。
33这一年，晋朝百姓躲避战乱，用襁褓背着孩子逃往淮北的在路上接连不断。