这是个全人类防御的时代，而人类要防御的就是使徒，和人类同出一源的神奇生物。
这个世界的远古，所有的生命都是从世界树诞生，世界之初世界之树诞生两个使徒就是一切生物的源头。
最初的雄性使徒亚当，最初的雌性使徒莉莉丝。然后再由雌性使徒莉莉丝的肚子里诞生了其他使徒和人类，人类也属于使徒之一。
这就是本世界的人类起源，可以说使徒和人类只是存在方式不一样。但正是因为生产方式不一样，使徒和人类的目标也不一样。使徒出生之后从生命之树上获得的是生命果实的力量，而人类选择了智慧果实。
就和伊甸园的亚当和夏娃偷食禁果一样，这个世界的人类也做出了不同的选择。而人类的这种选择造成了人类拥有智慧却不足以保持使徒庞大的力量和躯体，在漫长的时间里分散为无数的个体，而且每一个个体还都不再互相了解。
漫长的历史中人类对自己的起源也已经忘却，沉迷于科学的发展中，一直到半个世纪之前有人发现了记载了人类起源的《死海文书》，巅峰了人类的三观，什么进化论物竞天择全部变成了笑话。人类的起源不是猴子而是使徒之卵。而亚当，莉莉丝这些名字都是现代人类按照典故给《死海文书》记载的使徒按上去的。
人类从使徒之卵中出生，终究会回归使徒之卵，这就是《死海文书》的记载，人类会完成出生到死亡的整个轮回，从哪里来回到哪里去。
《死海文书》的发掘，影响了一大批人类精英。要知道人类的命运之所以神奇就在于未知，当人类的命运不再神秘，当大家知道人类最后的归宿只有再回归的时候，精英们自然不会认命，他们以《死海文书》为蓝本，破解古人密码研究古代使徒，集合古今人类的智慧研究讨论出了新的计划。
回归是么？完成轮回是么？可以，人类可以回归，可以结束轮回，但一切都要由人类主导，由人类进行，由人类的自我意志完成，人类要在回归之后成为使徒力量的主宰，将使徒的意识全部抹除只留人类的意识，人类将成为新世界的‘神’，这就是SEELE组织为主导的‘人类补完计划’。人类的智慧让他们不愿意落于使徒身后，人类有智慧自信能牢牢坐在使徒的脑袋顶上。
可以说越是发展，人类也就越自大。
根据《死海文书》的模糊记录，延续前人的路线，SEELE在七大洋四大洲到处挖掘寻找使徒的痕迹，终于在2000年前在南极发现了一个巨大的溶洞在里面找到了最初的使徒亚当。当时巨大的人形使徒亚当因为胸口被刺了朗基努斯之枪所以非常安全，不过人类的作死之心是绝对不会消失的。
在破解《死海文书》的过程中，人类发现了大量的关于使徒的一手情报，并且发现朗基努斯之枪能完全封印使徒的生命活性。
所谓朗基努斯之枪是现代人类根据圣经故事给这巨大的火红长枪取的名字，其实它是世界树的一根树枝。
遥想古代使徒如何强大，却不知道为什么会消失在历史的洪流之中，又不知道朗基努斯之枪又为何会刺在亚当的胸口。
想象远古洪荒，巨兽纵横，天地混蒙，或许那时候完全没有分离的人类也有着强横一时的实力，能与使徒争锋。也有可能使徒与使徒之间也有互不相让的战争。也有可能树大招风，世界树招陨石，使徒或许和恐龙一样在陨石的重击之下受伤沉睡。
远古到底发生了什么事情，人类也无从得知，《死海文书》的破解工作一直在进行，到底是时代久远，古今人类想法大相径庭，名词文字完全不同。破解工作一刻不停，因为知道越多的信息对人类越有优势。
2000年收集了大量数据的南极科研小组也终于下定决心作一次大死，他们将朗基努斯之枪从亚当身上拔下来。
然后发生了第二次冲击，一场生物大灭绝，当然官方记载是陨石落在南极造成的一切，而事实上是人类科学家作死造成了一切。
亚当引起的第二次冲击，也像是一声号角唤醒了其他沉睡的使徒。他们虽然没有智慧，但也有生物的本能，他们的本能也是回归，他们要和最初使徒亚当融合。而如果其他使徒和亚当融合的话那么造成的结果就是人类全灭，和亚当融合的那个使徒会成为新世界的神，这是人类不愿意见到的。
所以人类现在要做的就是将那些来找亚当融合的使徒全部干掉，来一个杀一个来一双杀一双，杀到确保人类意识会成为融合的主流为止。
而人类的杀手锏，就是由亚当基因克隆而来的决战兵器EVA，至于如何让使徒自投罗网，那就要靠人类在日本地下深处挖掘出来的第二使徒莉莉丝了。
只能说人类的运气真的不错，最初使徒和第二使徒都被人类给挖了出来，真得感谢先祖《死海文书》的记录，虽然古代时候地理方位和现代完全不同，不过有个大概也能让现代人类用各种高科技寻找到地下的空间，找到使徒。
至于其他使徒就算不知道在哪也已经没有关系了，因为人类知道使徒的本能是什么，所以他们只要守株待兔。他们在莉莉丝的周围设置了大量亚当的基因液体，使徒就会将莉莉丝当做亚当不断地朝第三新东京靠拢，人类以逸待劳便可将使徒全部消灭。
使徒没有智慧，人类祖先从很久以前就开始记录使徒，以备不时之需。而使徒恐怕连亚当和莉莉丝长什么样都忘却了，真的是智商欠费，是有勇无谋的典型。
面对使徒这样的敌人，人类是绞尽了脑汁，消耗了大量的人力物力资金，以至于人类现在已经都快成为战争零件了，全世界的经济都在崩溃的边缘。
当然普通人根本不知道什么‘人类补完计划’，也不知道精英层为全人类选择了一条什么样的道路。他们只是盲目地进行工作，他们还以为统治者是为了他们的生命财产而备战呢。却不知道对于真正的聪明人来说，财产不过是身外之物，他们为人类选择的不是生存而是超凡。
根据《死海文书》的记载，大家都知道人类是不完整的，人类选择了智慧却失去了庞大的力量，现在只要完成计划，人类就会同时拥有智慧和生命，人类才会被补完。