这一年，高太后去世，宋哲宗业已亲政，用章敦为宰相，又有一批不同政见的大臣遭贬。
苏轼被贬往惠州（今广东省惠州市惠城区），已经年近花甲了。
苏轼被贬谪蛮荒瘴毒之地，难得再有起复之望，身边众多的侍儿姬妾都陆续散去，只有王朝云始终如一，不肯在东坡落魄之际离开，执意要与苏东坡一起同到谪居地惠州，患难与共。
对此，东坡深有感叹，曾作《朝云诗》：
“不似杨枝别乐天，恰如通德伴伶元。
阿奴络秀不同老，天女维摩总解禅。
经卷药炉新活计，舞衫歌板旧因缘。
丹成逐我三山去，不作巫阳云雨仙。”
白居易曾有美妾樊素，擅唱杨柳词，人皆称其为杨柳。后来，白居易年老体衰，深受其宠的美妾樊素就自己溜走了，白居易因而有诗句“春随樊子一时归。”
晋人刘伶元在年老时曾得一名叫做樊通德的小妾，二人情笃意深，并经常谈诗论赋，议古说今，时人就称二人为“刘樊双修”。
苏轼用此两例典故，正是要说明他与朝云生死相随、心意相通，正如刘樊二人。而同为舞妓出身，朝云的坚贞完全不同于樊素的薄情，朝云的坚贞相随、患难与共，令垂暮之年的苏东坡尤为感动。
只是，朝云却没有李络秀的好福气，她的生活就像天女维摩一般，每天不是念经就是煎药。她抛却了从前长袖的舞衫，远离了悦耳的歌板，一心礼佛，唯望有朝一日，仙丹炼就，与苏轼一同登仙山，再也不为尘世所羁绊。
“花褪残红青杏小，燕子飞时，绿水人家绕。枝上柳绵吹又少，天涯何处无芳草？
墙里秋千墙外道，墙外行人，墙里佳人笑。笑渐不闻声渐悄，多情却被无情恼。”
在惠州，王朝云常常唱苏轼这首《蝶恋花》词，为苏轼聊解愁闷。每当朝云唱到“枝上柳绵吹又少”时，就掩抑惆怅，不胜伤悲，哭而止声。
苏轼问何因，朝云答：“妾所不能竟者，‘天涯何处无芳草句’也”。
苏轼大笑：“我正悲秋，而你又开始伤春了！”
古人认为，芳草为柳绵所化，所以枝上柳绵吹遍天涯，芳草也就随风而生。这首词也暗喻了苏轼“身行万里半天下，僧卧一庵初白头”的命运。
在政敌的迫害下，苏轼一次比一次贬得远，一次比一次遭受的打击大。
朝云唱到那两句时，想起苏轼宦海的浮沉、命运的无奈，对苏东坡忠而被贬、沦落天涯的境遇是同感在心，于是泪下如雨，不能自已。
苏轼亦知她的这份知心，才故意笑而劝慰。
两人之知心，可见一斑。
苏轼多次把朝云比如天女，并且着力描绘了她的美丽，如《三部乐》：
美人如月，乍见掩暮云，更增妍绝。算应无恨，安用阴晴圆缺。娇甚空只成愁，待下床又懒，未语先咽。数日不来，落尽一庭红叶。
今朝置酒强起，问为谁减动，一分香雪？何事散花却病，维摩无疾？却低眉、惨然不答，唱金缕、一声怨切。堪折便折，且惜取、少年花发。”
这里苏轼是用月亮的阴晴圆缺，来描写心情的变化；用暮云掩月，来刻画惆怅倦怠的美人形象。在寂寥冷清的环境中，朝云依然那么美丽动人，甚至更增妍绝。
还有一首《殢人娇》：
“白发苍颜，正是维摩境界。空方丈、散花何碍。朱唇箸点，更髻鬟生彩。这些个、千生万生只在。
好事心肠，着人情态。闲窗下、敛云凝黛。明朝端午，学纫兰为佩。寻一首好诗，要书裙带。”
白发苍颜的苏轼，和敛云凝黛的朝云，确实和维摩天女那样相得益彰，远离京师是非之地，反倒生活得相对宁静怡然。“朱唇箸点，更髻鬟生彩”，朝云在苏轼笔下，是如此的光彩照人，圣洁无比！
苏轼在词里说，要在端午的时候，为朝云写首好诗。于是，苏轼很快又写了一首《浣溪沙·端午》：
“轻汗微微透碧纨，明朝端午浴芳兰。流香涨腻满晴川。
彩线轻缠红玉臂，小符斜挂绿云鬟。佳人相见一千年。”
词中描写了端午沐浴的场景，彩线缠臂，可以不病湿；小符配身，可以辟五兵。“流香涨腻满晴川”，脂香粉腻顺水流淌，是一幅多么美丽而热闹的画面。而“佳人相见一千年”，则表现了两人希望一直这样相依相扶生活下去的愿望。在老迈之年谪居南荒，朝云已成了苏轼最后的慰藉和感情归宿。
王朝云在惠州时遇瘟疫，身体十分虚弱，终日与药为伍，总难恢复。苏轼拜佛念经，寻医煎药，乞求她康复。
王朝云对佛的虔诚也未能使她获得更长的寿命，或许方瘴气太重，或许体弱多病，或许水土不服，许是上苍有意不留佳人，比苏东坡年轻得多的王朝云，在随苏轼到惠州生活一段时间后，竟然没有等来北归之日，更没有陪伴苏轼走完人生之路，反而她先于苏轼离开喧嚣的尘世。
王朝云临终时，没有显出特别的留恋或悲痛，她只是平静地顺应上苍的安排，口中不忘诵经向佛：“一切有为法，如梦、幻、泡、影，如露，亦如电，应做如是观……”
苦海无边，北归无望，世事皆空，万物俱寂。她信佛，而这种信，可能也夹杂着她对人生的种种希望、幻灭、悲情、无奈……
苏东坡谪居惠州的第三年（1094），王朝云带着不舍与无奈溘然长逝，年仅三十四岁。
朝云去世后，苏轼“终生不复听此词”，就是那首《蝶恋花》。
苏轼尊重朝云的遗愿，于绍圣三年（1096年）八月三日，将她葬在惠州西湖南畔（孤山）的栖禅寺的松林里，亲笔为她写下《墓志铭》，铭文也像四句禅谒：
“浮屠是瞻，伽蓝是依。
如汝宿心，唯佛是归。”
朝云的死也带着些佛教神秘色彩。朝云葬后第三天，惠州突起暴风骤雨。
次日早晨，苏轼带着小儿子苏过，前来探墓，发现墓的东南侧有五个巨人脚印，于是再设道场，为之祭奠，并因此塑像写下《惠州荐朝云疏》，其中说道：
“轼以罪责，迁于炎荒。有侍妾朝云，一生辛勤，万里随从。遭时之疫，遘病而亡。念其忍死之言，欲托栖禅之下。故营幽室，以掩微躯。方负浼渎精蓝之愆，又虞惊触神只之罪。而既葬三日，风雨之余，灵迹五显，道路皆见。是知佛慈之广大，不择众生之细微。敢荐丹诚，躬修法会。伏愿山中一草一木，皆被佛光；今夜少香少花，遍周世界。湖山安吉，坟墓永坚……”