白色光幕——
小智一行人举办完了选美大赛，来到鸠鸿港，却是意外地发现了玛瑙水母袭击人类。
从银婆婆那得知她们准备在玛瑙水母的领地建设出超越蓝普鲁奇的观光度假区，肆无忌惮的破坏毒刺水母的栖息地，然而玛瑙水母则是反抗，阻碍她们建造这个占据它们领地的度假区。
小智一行人得知了这个原因，拒绝了银婆婆的招揽，但火箭队可没有拒绝，在金钱的诱惑下，火箭队成为了银婆婆的手下大将。
火箭队三人组拿出了自制的‘国产三杯醋’，企图驱赶走玛瑙水母，但火箭队弄巧成拙，让一只玛瑙水母在‘国产三杯醋’的浸泡下，不仅进化成了毒刺水母，而且体型则是变得巨大。
率领一群玛瑙水母进攻整个城市，既然人类破坏它们的栖息地，那它们也破坏人类的栖息地，让人类同样感受到自己的栖息地被破坏的滋味。
这个时候，皮卡丘开始了“嘴炮攻击”，加上小霞的动之以理晓之以情，终于说服了毒刺水母离开这里，解决了此次危机。
......
【樱花：小霞好样的，不愧是我们华蓝道馆的馆主！】
【菖蒲：危难时挺身而出，很有担当！】
【牡丹：要是小霞没有站出来，不知道双方最后的结果会是怎么样？】
【御龙渡：结果是不知道，但发生这样的事情的确是给了各个地方敲响了警钟，不要破坏宝可梦的栖息地，双方尽可能地和谐相处。】
【希巴：还得是火箭队搞出‘国产三杯醋’，将玛瑙水母进化且巨大化，虽说毒刺水母破坏了城市，但它们制止了那些想要为了钱去破坏它们栖息地的人类，还让他们也试了自己的栖息地被破坏的滋味。
从某方面来说，火箭队算是弄巧成拙，间接地帮助了毒刺水母它们。】
【正辉：这样的事情发生才会让人类也感受到毒刺水母当时的心情，毒刺水母的事件可以作为前车之鉴，往后如若发生类似的冲突，可以想想这件事。】
......
解决完了毒刺水母的事情，小霞收服了心仪的墨海马。
随后小智一行人朝着金黄市前进，破开了少女峡的当地的鬼魂传说，鬼斯实际上变成少女幽灵就是为了能让少女峡的故事一直延续下去以至于不被世人遗忘。
众人意外在这里意外地发现鬼斯是继火箭队的喵喵之后第二只会说人话的宝可梦，除了会说人类的语言，鬼斯在幻象术与催眠术的造诣上可是说是幽灵系里的顶尖级别，在面对各种宝可梦的时候有着各种各样的应对方式。
【菊子：跟火箭队的喵喵一样会说人话，而且它使出的催眠术是我见过最强的，跟普通的催眠术很不一样，要不是光幕曝光出来，我都不知道还有这么厉害的鬼斯。】
【芙蓉：这个催眠术跟幻象术是独一档的存在，我的宝可梦都无法做到这样。】
【大木博士：小智的旅途也太精彩了吧，千年鬼斯也能遇上！】
前往金黄市的时候小智一行人碰到了在天空飞翔的巴大蝴。
巴大蝴一眼相中了粉红色的巴大蝴，对方刚开始不接受它，但火箭队可不会让小智几人跟巴大蝴失望的，在他们的助攻下，巴大蝴成功地俘获了粉红色巴大蝴的芳心。
小智和巴大蝴都舍不得对方，甚至巴大蝴还纠结过自己是不是要和那只闪光巴大蝴一起迁徙，还是小智看出了巴大蝴真正的心意，他让巴大蝴跟着爱人一起南方。
最后的画面是，在小智的目送下，两只巴大蝴渐渐飞远！
.......
小智怔怔地看着光幕，回想着跟巴大蝴的时光。
巴大蝶作为第一只真正被小智收服宝可梦，虽然一起经历的时光不多，但是却发生了很多难忘的故事。
比如一开始还是绿毛虫的时候就打败了火箭队三人组，是铁甲蛹的时候舍身挡住了大针蜂的攻击救了小智，巴大蝶的时候精彩的对战等等。
小智的很多“第一次”都是借由巴大蝶来完成的，所以当巴大蝶准备去找寻自己幸福的时候，已经产生感情的彼此自然会难过。
而现在再度看到，小智心里也还是很思念巴大蝴的。
皮卡丘感到了小智此时的心情。
小智，放心，我会陪着你的...
莎莉娜的注意力在小智身上，她知道小智此时正想念以前一起旅行的伙伴。
......
黑光幕的小智一行人来到了蓝普鲁奇市。
该放松的放松，该锻炼的锻炼。
巴大蝴跟比雕不想游泳，它们就在沙滩边飞行，小智给它们又戴上一个铁环，这个铁环是小智从大木博士那弄来的，专门用来训练宝可梦的。
巴大蝴跟比雕早些时候适应了一个铁环的重量，觉得自己又行了，想要像皮卡丘一样戴两个。小智满足它们，就给它们增加一个，现在重量上来，它们感觉不太适应，飞行速度都变慢很多。
皮卡丘已经戴习惯了，给巴大蝴跟比雕传授经验，当初练铁尾的时候，它用尾巴吊起了两个铁环，挺不容易的。但就是这样锻炼，所使出的铁尾威力才会这么大。
还给它们展示一波，用尾巴将两个铁环给垫起来，上下移动。
“皮卡丘的铁尾是不是很厉害？”
巴大蝴、比雕点点头，很厉害！
“呐，铁尾就是这样练成的！”