赵凡挂断电话，就又立马出发，这一次他的目标是那座废弃工厂。据说那里近期有神秘势力出没，很可能与最近周边神奇宝贝离奇失踪案有关。
赵凡来到废弃工厂，周围弥漫着一股阴森的气息。他小心翼翼地靠近，突然，一群黑影从角落里窜了出来，是一群红着眼睛的神奇宝贝，好像被人控制了一样，还有几只神奇宝贝被改造了，像是几个神奇宝贝合成一个，一只袋兽（有喷火龙的爪子喷火龙的翅膀，伊布的耳朵，卡比兽的脚，实力在冠军后期，但是生命力却像可有可无似的，随时都可能死去，），还有一只尼多王（有怪力的四之手，还有喷火龙的翅膀，肩膀上还有水箭龟的两个大炮筒，实力也是在冠军后期，生命力也是似有似无，随时都可能死去，）。
赵凡看到这里立马额头上冒出大大井字，并且生气的说道，这个黑暗盟，真的是很邪恶，做出来这种改造了神奇宝贝的事情，而且不管不顾神奇宝贝的生死。
赵凡迅速从腰间拿出来神奇宝贝球，警把快龙和耿鬼释放出来，准备快速解决战斗，把这两个改造神奇宝贝，快速打晕，让这两个神奇宝贝少使用被改造后的力量，避免过多的使用改造后的力量，而加速死亡的速度，快龙和耿鬼一出现，便迅速进入战斗状态。快龙振翅高飞，朝着袋兽冲去，强大的气流卷起周围的尘土。耿鬼则灵活地穿梭在战场，准备寻找尼多王的破绽。
袋兽挥动着喷火龙的爪子，与快龙激烈交锋，快龙凭借着速度优势，不断躲避攻击并伺机反击。而尼多王则用肩膀上的水箭龟大炮筒发射出强力的水炮，耿鬼巧妙地瞬移躲开。
战斗进入白热化阶段，赵凡在一旁密切观察，指挥着快龙和耿鬼。突然，黑暗中又窜出几只改造神奇宝贝加入战斗。赵凡眉头紧皱，他深知不能再拖延下去，否则这些被改造的神奇宝贝会更加痛苦。
快龙和耿鬼在赵凡的指挥下，默契配合，分别对袋兽和尼多王发动了致命一击。袋兽和尼多王摇晃了几下，终于倒在地上。赵凡赶紧上前，将它们收回球中，准备带回去治疗，而后立马拨通御龙渡的电话说，渡天王，我可能找到黑暗盟的临时落脚点。
渡的声音从领航员电话中传来，真的吗？太好了，大概在那里，我立马派人过来协助你。
赵凡立马说道，大概位置木森市木森森林里，那边有一个废弃的工厂，但是我不知道我有没有人，而后我还在这里发现有几个被改造的神奇宝贝，实力都是在冠军后期，我怀疑黑暗盟还有更大的阴谋诡计，很有可能是想制造一个人造神兽，也有可能想推翻联盟。
御龙渡在听到这些话，立马陷入沉思，然后，就在领航员电话中说道，那你在深入下，那个废弃的工厂，看还有没有其他留下的什么资料，我去向联盟高层汇报一下。
随后，赵凡挂断领航员电话，他就立马带着快龙和耿鬼，继续深入废弃工厂，探寻黑暗盟的秘密。
赵凡深入废弃工厂，四周弥漫着刺鼻的化学药剂味道。突然，地面传来一阵震动，一个巨大的机械装置从地下升起，上面绑着几只奄奄一息的传说神奇宝贝。
原来黑暗盟真的在进行制造人造神兽的计划！就在这时，一群黑影从四面八方涌出，将赵凡等人团团围住。竟是黑暗盟的精英成员，各个眼神阴鸷，实力不凡。快龙和耿鬼严阵以待，再次投入战斗。战斗十分激烈，快龙和耿鬼虽勇猛，但黑暗盟成员众多，渐渐有些力不从心。
赵凡心急如焚，突然，他发现机械装置上有一个闪烁的按钮，似乎是控制整个计划的关键。他瞅准时机，趁敌人不备，冲向按钮。就在他按下按钮的瞬间，机械装置发出一阵巨响，开始崩塌。黑暗盟成员见状，纷纷逃窜。赵凡带着快龙和耿鬼，救下了传说神奇宝贝，成功阻止了黑暗盟的阴谋。不久后，御龙渡带着联盟的支援部队赶到，对现场进行了清理。
御龙渡对赵凡说道，刚刚捉到一个在关东地区活动黑暗盟的一个领导（小干部：诚泰），从他口中得知，关东地区活动的黑暗盟的人员，只是整个组织的一小部分人员，还有其他人员活动在其他地区，他们的首领从来没有出面过，每次下达任务都是靠领航员电话联系，而且，我发现他们的领航员电话都是黑市购买的，没有实名的，他们首领可能有更大的阴谋，联盟高层的意思，想你去其他地区也去调查一下，希望可以把黑暗盟一把铲除。
赵凡思考了一下说可以，但是我得自己一个人去，不能带其他人，可能联盟有他们安排的探子，关东地区给我安排任务的人只能是联盟首领，我联系也只能跟你渡天王单线联系，其他人不能接手我的事情御龙渡点了点头，“没问题，我会向联盟首领转达你的要求。你此去务必小心，黑暗盟势力庞大且神秘。”赵凡坚定地点头，随后带着快龙和耿鬼踏上了新的征程。
他第一站来到了橘子群岛。刚一上岸，就感觉到了一股不寻常的气息。在一处偏僻的小镇里，他发现了一些形迹可疑的人。赵凡暗中跟踪，发现他们进入了一座废弃的灯塔。他让快龙和耿鬼在外等候，自己悄悄潜入。灯塔内弥漫着一股诡异的氛围，赵凡小心翼翼地前行。突然，一群改造神奇宝贝从暗处窜出，将他包围。赵凡迅速召唤出快龙和耿鬼，再次投入战斗。就在战斗正激烈时，他发现灯塔顶层有一个神秘的身影，似乎在操控着一切。赵凡决定先解决眼前的敌人，再去会会那个神秘人。
赵凡解决眼前的敌人后，立马跑向那个灯塔顶部，刚到顶部一看既然是林源（格斗道馆馆主，），赵凡立马问林源馆主不在道馆，怎么来到橘子群岛林源冷笑一声，“道馆？那不过是我掩人耳目的幌子。黑暗盟的计划才是我真正的目标，你以为你能阻止我们？太天真了。”
赵凡握紧拳头，“不管你有什么阴谋，今天我都要将你绳之以法。”
林源一挥手，又有几只强大的神奇宝贝出现。“就让你见识一下我真正的力量。”
快龙和耿鬼再次迎战，与林源的神奇宝贝展开了激烈的对决。战斗中，林源突然按下一个按钮，灯塔开始剧烈摇晃。“这灯塔即将崩塌，你就和它一起陪葬吧。”
赵凡没有退缩，他指挥快龙带着大家迅速撤离。就在灯塔即将倒塌的瞬间，他们成功逃离。
林源趁乱逃走了。赵凡知道，这只是一场小战斗，黑暗盟的阴谋远未结束，赵凡立马拨通御龙渡的领航员电话，给御龙渡汇报到，联盟成认的一些道馆馆主也可能是黑暗盟的人，让渡带着一些联盟检察官，进行调查一下。
渡听到赵凡的话，他脸色立马发红，怒道：“黑暗盟还真是手段高啊，竟然把一些道馆馆主都策反成黑暗盟的成员，”说完这些，他立马跟赵凡说道，你放心，我立马就去展开调查，一定把黑暗盟的人员调查出来。
赵凡听了之后，立马对渡说道，调查时候要小心点，黑暗盟的人都是一群疯子，什么事情都做的出来。
渡说道，好的，我知道了，然后就挂断领航员电话。赵凡带着快龙和耿鬼，继续在橘子群岛展开调查，决心揪出黑暗盟背后更大的阴谋，将他们一网打尽。