“九月初一”的惊雷与骇浪，如同投入历史长河的巨石，其激起的涟漪，迅速扩散至帝国的每一个角落，深刻地改变了江南乃至整个大明朝堂的格局。
军事上，登莱水师总兵俞咨皋与江防水师的联袂一击，不仅粉碎了“玄蛇”海上力量对南京的突袭，更在随后数日的追剿中，于长江口外及舟山群岛附近，连续捣毁多处疑似“玄蛇”控制或与其勾结的海寇巢穴，俘获、击沉敌船数十，擒杀、俘获包括多名倭寇头目、西番佣兵在内的匪众近千，缴获大批武器、赃物，并截获了数艘试图外逃、满载违禁货物的走私船。经审讯俘虏及查获文书，一个以“玄蛇”徽记为联络暗号，盘踞东南沿海多年，勾结倭寇、西番、内地奸商，从事走私、劫掠、甚至暗中策划袭扰沿海城镇的庞大黑色网络，逐渐浮出水面。俞咨皋的捷报与缴获的如山铁证，以八百里加急送往北京，震动朝野。
政治上，经此一役，任何关于“平虏侯擅权、纵子为虐、招致倭患”的流言与弹劾，不攻自破，沦为笑谈。皇帝虽未明确下旨褒奖，但在次日的常朝上，当着文武百官的面，温言慰勉了平虏侯刘庆“公忠体国，筹谋深远”，并对登莱水师、江防水师及南京守军“忠勇奋战，克敌制胜”予以嘉许。同时，下旨严查“玄蛇”一案，着三法司、锦衣卫及江南督抚会同，务必查个水落石出，无论涉及何人，严惩不贷。这道旨意，如同尚方宝剑，赋予了彻查此案最大的合法性与权威性，也彻底堵死了朝中残余反对势力的悠悠之口。
左副都御史林延的江南之行，至此可谓彻底失败。他不仅未能“核查”出平虏侯府的“问题”，反而亲历并见证了对方在江南深厚的民心根基与强大的掌控力，更被迫在“玄蛇”通倭袭城的铁案上表态支持彻查。回京之后，他闭门谢客多日，随后上了一份措辞平淡、主要陈述“倭患已平、民心渐安”的奏章，对刘怀远及新政未再置一词，显然是默认了现实。其在清流中的威望，不免受损。而副使王用汲，则因在关键时刻的“客观”与后来推动彻查的积极，颇得朝廷赏识，回京后不久即获擢升。
在江南本地，变化更为显着。九月之后，随着“玄蛇”网络的罪行被逐步揭露公示（有选择地），尤其是其勾结外寇、袭击南京、残杀商旅、走私军火的桩桩铁证，让所有曾经对新政、对清丈田亩、对开拓海贸抱有疑虑或暗中抵触的士绅、商人，无不噤若寒蝉，甚至争先恐后地与之划清界限。那些曾与徐介、与“广源当铺”、与松江旧港势力过往甚密的人，纷纷主动向官府“说明情况”，或“捐献”财物以求宽宥。江南官场为之一清，推行新政的阻力骤减。
江宁的乌江镇堤防，在方秉诚的主持下，不仅安然度过了夏秋汛期，更因其坚固实用，被朝廷列为“江南堤防样板”，方秉诚这位前工部老吏，也因此得到官府正式聘用，负责南京府一段江堤的日常维护与规划。江宁“济民织坊”的生产步入正轨，所产“济民厚布”与“江宁素绸”因质地优良、价格公道，销路大开，不仅满足了本地需求，更通过运河远销北方，甚至开始有商人询问海外订单。织坊规模一扩再扩，吸纳的流民工匠已超过三百人，周师傅成了江宁乃至南京都有名的“织造大家”。南京城内的“蒙养学堂”也声名远播，学生增至近两百人，那位老博士被南京国子监聘为“外傅”，专门负责贫寒子弟的教化事宜。刘怀远当初推动的这些“小试点”，如今已枝繁叶茂，成为新政在江南最亮眼的成果，惠及无数百姓。
而影响最为深远的，莫过于海贸。顾永年“永昌合记”船队的悲壮遇袭与传奇生还，顾永年本人昏迷月余后奇迹般苏醒，俞咨皋水师的雷霆扫荡，以及随后朝廷对“玄蛇”海上网络的彻底清剿，如同为朝廷推行的“市舶新条”做了一次最震撼、也最有效的宣传。它用血与火的事实告诉所有人：守规矩、走正道的海商，朝廷保护；勾结外寇、破坏法度的奸贼，朝廷铲除。一时间，松江、宁波、泉州等口岸，申请“船引”、规规矩矩纳税出海的商人络绎不绝，新兴的海商团体开始形成。朝廷的市舶税收，在经历短暂动荡后，开始迅猛增长。一条新的、健康的、受朝廷控制的海上贸易与财富通道，正在隆隆开启。
十月初，南京。
秋高气爽，秦淮河的水格外清澈。乌衣巷别业的书房内，刘怀远正在翻阅各地送来的简报。他比年初时清瘦了些，但目光更加沉静深邃，顾盼之间，自有一股不容忽视的威仪。
顾永年在杜得水和数名护卫的陪同下，坐在下首。他面色依旧苍白，行走需人搀扶，但眼神明亮，精神尚可。能捡回一条命，并亲眼看到仇敌覆灭、自己所坚持的事业重获生机，他已觉苍天待他不薄。
“顾掌柜，身体可好些了？”刘怀远放下简报，关切地问。
“劳公子挂念，好多了。”顾永年忙道，语气充满感激，“若非公子与侯爷运筹帷幄，派俞总兵及时赶到，南京恐遭涂炭，顾某也早已葬身鱼腹。公子大恩，顾某没齿难忘！”
“顾掌柜言重了。你为朝廷开拓海路，为民谋利，却遭奸人毒手，是朝廷对不住你。”刘怀远摆摆手，“如今‘玄蛇’海上羽翼已折，松江、宁波口岸风气一新，正是‘永昌合记’重整旗鼓之时。你日后有何打算？”
顾永年眼中燃起斗志：“公子，经此一劫，顾某更知海贸之重，亦知朝廷法度之不可违。‘永昌合记’必将严格按照‘市舶新条’，规规矩矩做生意。顾某已与几位信得过的同道商议，准备扩大船队，增辟琉球、吕宋乃至更远航线。只是……此番损失惨重，本钱方面……”